Secuenciación de ADN

El Servicio de Secuenciación de ADN de la Estación Experimental del Zaidín presta su servicio tanto a Investigadores del Centro como externos.

1.-DNA-sequencing. Secuenciación Sanger (Capilar).

 

Dispone de un equipo ABI PRISM 3130xl Genetic Analyzer de 16 capilares de 80cm de longitud, capaz de obtener secuencias de hasta 1000 bases. En 24 horas pueden ser procesadas hasta un máximo de 150 muestras.

Imágen de SecuenciaciónImágen de Secuenciación

Nuestro servicio incluye:

1. - Secuenciación de ADN
  • Secuenciación de ADN clonado en plásmidos, Productos de PCR
  • Secuenciación de ADN en bajo número de copia (Cósmidos, Genómico, BAC)
2. - Envío por e-mail del archivo

Entre los programas para poder visualizar los ficheros (.ab) están los siguientes:
- Sequence Scanner: http://en.bio-soft.net/dna/ss.html
- Chromas: http://technelysium.com.au/?page_id=13
- Bioedit: http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Entrega de muestras en el Servicio de Secuenciación

El Servicio se encuentra ubicado en la planta baja de la Casa Roja, junto a los demás servicios de la Estación.
El horario de recepción de las muestras será de 8.00 a 14.00 los días laborables. Se entregarán a la técnico responsable o se dejarán en la nevera del Servicio a 4ºC (Ver requisitos de las muestras).

Plazo de envío de las secuencias

El plazo de envío de las secuencias al usuario es de 2 a 4 días laborables a partir de la recepción de la muestra en el laboratorio.
Tras el procesado de las muestras y envío vía e-mail, los restos de ADN se conservarán durante 1 semana por si fuera necesario realizar una segunda reinyección de la muestra.
Transcurrido este tiempo, los restos de ADN serán eliminados.

 

2.-Genomic Services. Secuenciacion 454 FLX Junior (Roche).

La  secuenciación 454, basada en la secuenciación por síntesis, es posible mediante la plataforma de secuenciación de segunda generación Genome Sequencing FLX.
Los nucleótidos fluyen de forma secuencial en un orden fijo a través del soporte de la placa PicoTiter durante una carrera de secuenciación.
 Durante el flujo de nucleótidos, cientos de miles de perlas unidas a millones de copias de una única molécula de ADN de hebra sencilla son secuenciadas en paralelo.
Si un nucleótido es complementario a la cadena molde en algún pocillo, la polimerasa extiende la hebra existente de ADN mediante la adición de nucleótido(s). La adición de uno (o más) nucleótido(s) resulta en una reacción que genera una señal de luz que es recogida por la cámara CCD del equipo. La intensidad de la señal es proporcional al número de nucleótidos incorporados en un solo flujo de nucleótidos.

 

METAGENÓMICA.- 16S rRNA sequencing Amplitags. Análisis de diversidad microbiana(microbiota-procariota)

-Se enviará al servicio el producto de PCR, con oligos adaptados a librerías L o A, de cada muestra o amplicón (hasta un máximo de 20 por run)
       

  1. Sin purificar.- V= 30-40 µl   10-40 ng/µl
  2. Purificado.- Banda única y purificada   V= 10 µl    5-20 ng/µl

Se están obteniendo entre 100.000 y 150.000 lecturas / run   de tamaño 400-600 pb. Mínimo secuencias buenas 70.000.

 

-Disponemos de 19 oligos 16s universales procariotas adaptados a lib-L, que amplifican la región V1-V3 del 16S rRNA.

 

- TARIFAS POR RUN:
   a) Secuenciación amplicones (IVA incluido).-
                                                                               Externos: 2093 €

                                                                               Internos: 1475 €
   
 Incluye cuantificación con Picogreen de los amplicones, emPCR, secuenciación, PTP y Kit mantenimiento equipo.

Los resultados se enviarán por correo electrónico, archivos fasta y sff.

 

 b) Purificación amplicones.- 121€ (IVA incluido), tanto externos como  internos.

 

c) Oligos 16SrRNA.-

30µl 19 oligos F + 300 µl oligo R.……..60,5 € (IVA incluido), tanto internos como externos.

Cantidad suficiente para 2 run.

 

 

3.-Cuantificación ADN con Picogreen- Quantifluor.

Precio por muestra 1,2 € + 9 € calibración aparato con 8 standars (IVA incluido), tanto internos como externos.

La calibración (de 0 a 100 ng/µl) debe hacerse cada vez que se vaya a medir.
Traer diluidas las muestras si la concentración se supone mayor de 100 ng/µl.



PERSONAL

Investigador Científico Responsable: Dr. Ricardo Aroca Álvarez
Técnico: Dª Amparo Salido Ruiz.



¿COMO CONTACTAR?

e-mail

secuenciacion@eez.csic.es

Teléfono

+34 958 18 16 00 Ext.: 139

Fax

+34 958 12 96 00 (Atención servicio de secuenciación)


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