Genómica comparada microbiana (Microgen)
Referencia: Consolider-Ingenio del MICINN (CSD2009-00006)
Investigador Principal: Nicolás Toro García
Año Inicio: 2010 Año Fin: 2014
Objetivos: El objetivo general de este proyecto es entender cómo se estructuran y evolucionan los genomas de procariotas y las poblaciones bacterianas mediante el uso de las nuevas tecnologías, lo que representa una transición desde la genética (perspectiva individual) a la genómica (perspectiva global) de poblaciones.
Otro Personal: Manuel Fernández López, Francisco Martínez-Abarca Pastor, José Ignacio Jiménez Zurdo y Fernando Manuel García Rodríguez


Identificación de Bioindicadores microbianos en la rizosferade quercíneas (Quercus ilex y Q. pirenaica) asociados a cambio climatico y evolución post-incendio
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta Andalucía (P08-CVI-03549)
Investigador Principal: Manuel Fernández López
Año Inicio: 2009 Año Fin: 2012
Objetivos: Estudiar la diversidad procariótica, por medio de técnicas metagenómicas y NGS, de la rizosfera de robledales y encinares, sometidos a distintas condiciones ambientales, para la identificación de bioindicadores de cambio climático y recuperación post-incendio
Otro Personal: Pablo José Villadas Latorre; Jose Antonio López Contreras, Antonio José Fernandez Gonzalez, Jose Francisco Cobo Diaz


Caracterización funcional de reguladores de respuesta a estrés del simbionte de alfalfa S. meliloti
Referencia: Plan Nacional (AGL2009-07925)
Investigador Principal: José Ignacio Jiménez Zurdo
Año Inicio: 2010 Año Fin: 2012
Objetivos: El objetivo general del proyecto es la disección de rutas de señalización mediadas por RNAs no codificantes (sRNAs) y factores de transcripción (TFs) que controlan las respuestas fisiológicas de S. meliloti al estrés abiótico y sus mecanismos de regulación asociados, así como evaluar el impacto de sRNAs y TFs en la eficiencia de la simbiosis Rhizobium-leguminosa en condiciones medioambientales subóptimas.
Otro Personal: Manuel Fernández López, Omar Torres Quesada, Jose Antonio López Contreras


Intrones del grupo II como vectores controlables de reconocimiento génico, contribución al desarrollo de la genómica funcional en microorganismos y plantas.
Referencia: Plan Nacional (BIO2008-00740)
Investigador Principal: Nicolás Toro García
Año Inicio: 2009 Año Fin: 2011
Objetivos: El objetivo general de este proyecto es proseguir con el desarrollo del intrón RmInt1 como vector manipulable de reconocimiento génico, contribuyendo con este nuevo sistema de mutagénesis al desarrollo de la genómica funional, en particular en microorganismos y plantas
Otro Personal: Francisco Martínez-Abarca, Fernando Manuel García-Rodriguez, Mª Dolores Molina Sánchez, Rafael Nisa Martínez, Gloria Cortés, Alicia Ortigosa Alcón, Isabel Chillón Gázquez, Laura Martínez-Rodríguez


Control de la expresión génica mediante el uso de intrones del grupo II y riboreguladores en microorganismos de interés biotecnológico.
Referencia: Junta de Andalucía, Proyecto de Excelencia (CVI-01522).
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2010
Objetivos: Caracterización del proceso de splicing de los intrones del grupo II y del mecanismo de acción de RNAs no codificantes identificados en el simbionte de alfalfa Sinorhizobium meliloti. Explotación de estas características en el control post-transcripcional de la expresión génica en estos microorganismos
Otro Personal: Antonio Barrientos Durán; Manuel Fernández López; Fernando Manuel García Rodríguez; José Ignacio Jiménez Zurdo; Francisco Martínez-Abarca Pastor; Ascensión Martos Tejera; Vicenta Millán Casamayor; María Dolores Molina Sánchez; Rafael Nisa Martínez; Alicia Ortigosa Alcón; Gloria Torres Cortés; Pablo José Villadas Latorre


Análisis de la diversidad procariótica asociada a quercíneas (Quercus ilex y Q. pyrenaica) para la identificación de biomarcadores asociados a la evolución post-incendio y al cambio climático en Sierra Nevada
Referencia: Ministerio de Medio Ambiente (OAPN 21/2007)
Investigador Principal: Manuel Fernández López
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2010
Objetivos: Identificar diferencias en las comunidades de microorganismos de la rizosfera de robles y encinas, sometidos a distintas condiciones ambientales, para monitorizar su evolución en el tiempo de recuperación del ecosistema o de adaptación al cambio climático.
Otro Personal: Nicolás Toro García, Ana Belén Robles Cruz y Francisco Martínez-Abarca Pastor


Identificación de los mecanismos básicos de la colonización de la rizosfera de plantas por microorganismos de interés biotecnológico.
Referencia: Junta de Andalucía (AGR252)
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2009
Objetivos: Estudio de la colonización de la rizosfera de alfalfa sometida a diferentes estreses ambientales (sequía, salinidad, acidez...).
Otro Personal: MANUEL FERNÁNDEZ LÓPEZ; FERNANDO MANUEL GARCÍA RODRÍGUEZ; JOSE IGNACIO JIMÉNEZ ZURDO; FRANCISCO MARTÍNEZ-ABARCA PASTOR; ASCENSIÓN MARTOS TEJERA; MARIA DOLORES MOLINA SANCHEZ; PABLO JOSE VILLADAS LATORRE


Caracterización de genes de Sinorhizobium meliloti implicados en la colonización y en el rendimiento de cosecha de alfalfa en condiciones de salinidad.
Referencia: Plan Nacional (AGL2006-12466/AGR).
Investigador Principal: Manuel Fernández López.
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2009
Objetivos: Identificación de genes estructurales y reguladores, y estudio de la biodiversidad de Sinorhizobium meliloti con un papel relevante en la colonización de la rizosfera de alfalfa.
Otro Personal: JOSE IGNACIO JIMÉNEZ ZURDO; JOSE ANTONIO LÓPEZ CONTRERAS; OMAR TORRES QUESADA


Caracterización funcional de RNAs no codificantes en el endosimbionte diazotrófico Sinorhizobium meliloti.
Referencia: Proyecto Intramural CSIC-I3 (PIE200840I063)
Investigador Principal: José Ignacio Jiménez Zurdo
Año Inicio: 2008 Año Fin: 2009
Objetivos: Caracterización de la función y mecanismos de acción de ribo-reguladores de respuestas a estrés abiótico de S. meliloti
Otro Personal: Vicenta Millán Casamayor


Estudio de la rizosfera de plantas xerófitas del altiplano central de México. Análisis de la biodiversidad microbiológica mediante un enfoque molecular. Generación de un banco genético (metagenoma) inédito.
Referencia: Fundación BBVA (BIOCON 04-084)
Investigador Principal: Francisco Martínez-Abarca Pastor.
Año Inicio: 2005 Año Fin: 2008
Objetivos: Estudio de la biodiversidad microbiológica asociada a plantas xerófitas del altiplano central de México para la generación de un banco metagenómico.
Otro Personal: Jordan K. Golubov ; Penny Hirsch ; H Ramirez-Saad ; Nicolás Toro García


Desarrollo de intrones del grupo II como vectores de reconocimiento génico y su aplicación en genómica funcional en microorganismos y plantas.
Referencia: Plan Nacional (BIO2005-02312).
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2008
Objetivos: Desarrollo de herramientas moleculares basadas en intrones del grupo II para estudios de genómica funcional.
Otro Personal: ANTONIO BARRIENTOS DURAN; FERNANDO MANUEL GARCÍA RODRÍGUEZ; MARIA DOLORES MOLINA SANCHEZ; RAFAEL NISA MARTÍNEZ; PABLO JOSE VILLADAS LATORRE


Análisis de la diversidad procariótica asociada a Quercíneas (Quercus ilex y Q. pyrenaica) para la identificación de biomarcadores asociados a la evolución post-incendio y al cambio climático en Sierra Nevada
Referencia: Proyecto Intramural CSIC-I3 (PIE200740I005)
Investigador Principal: Manuel Fernández López
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2008
Objetivos: Identificar diferencias en las comunidades de microorganismos de la rizosfera de robles y encinas, sometidos a distintas condiciones ambientales, para monitorizar su evolución en el tiempo de recuperación del ecosistema o de adaptación al cambio climático.
Otro Personal:


Búsqueda en el metagenoma de microorganismos del suelo de nuevas enzimas con actividad lipasa (EC: 3.1.1.3.).
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Francisco Martínez-Abarca Pastor.
Año Inicio: 2003 Año Fin: 2006
Objetivos: Desarrollo de genotecas de ADN medioambiental para la búsqueda de enzimas de interés biotecnológico.


Desarrollo de nuevas herramientas genéticas basadas en intrones del grupo II para la identificación y el análisis funcional de genes en genomas de procariotas y plantas.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2002 Año Fin: 2005


Prevention of land degradation in the Aral Sea region undergoing disastrous desertification by increasing tolerance of symbiotic nitrogen fixation (SNF) to salinity.
Referencia: Unión Europea, INCO-Copernicus.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2000 Año Fin: 2004


Ingeniería de la expresión coordinada de múltiples genes y uso para la producción y purificación de moléculas de valor industrial.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2003 Año Fin: 2004


Mejora de la expresión del sistema Rhizobium-leguminosa para ser explotados en suelos deficientes de nuestra comunidad por sus condiciones de salinidad, acidez, metales pesados etc., que permita mejorar el prototipo registrado y el interés que en él muestren empresas del sector.
Referencia: Junta de Andalucía, Acciones Coordinadas.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2002 Año Fin: 2003


Biotechnology of the soil: Monitoring conservation and remediation.
Referencia: Unión Europea.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 1998 Año Fin: 2002


Evaluación de la presencia y capacidad de diseminación de los intrones de grupo II en microorganismos que interaccionan con plantas de interés agronómico su uso como vehículos de integración de información genética en sitios definidos dentro del ADN.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 1999 Año Fin: 2002


Diseño y obtención de piensos a partir de leguminosas grano como alternativa a la prevención y lucha contra la encefalopatía espongiforme bovina, mal de las “vacas locas”.
Referencia: Junta de Andalucía, Acciones Coordinadas.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2002


Molecular microbial diversity in soils from French Guiana: The rhizosphere of Dicorynia guianensis.
Referencia: Unión Europea, European tropical rain forest lage scale facility (TMR) Silvolab-guyane.
Investigador Principal: Nicolás Toro García.
Año Inicio: 1999 Año Fin: 2001

Publicaciones indexadas en el ISI Web of Science

García Rodríguez, F.M., Barrientos Durán, A., Díaz Prado, V., Fernández López, M., Toro García, N.. (2011). Use of RmInt1, a group IIB intron licking the intron-encoded protein endonuclease domain in gene targeting. Applied and Environmental Microbiology 77(3):854-861. 

Chillón, I, Martínez-Abarca, F., Toro, N.. (2011). Splicing of the Sinorhizobium meliloti RmInt1 group II intron provides evidence of retroelement behavior. Nucleic Acids Research (Se publicará en 2011):-. 

Torres-Cortés, G., Millán, V., Ramírez-Saad, H.C., Nisa-Martínez, R., Toro, N., and Martínez-Abarca F.. (2011). Characterization of Novel Antibiotic Resistance Genes Identified by Functional Metagenomics on Soil Samples. Environmen. Microbiol -:-. 

Molina-Sánchez, M.D., Martínez-Abarca, F., Toro, N.. (2010). Structural features in the C-terminal region of the Sinorhizobium meliloti RmInt1 group II intron-encoded protein contribute to its maturase and intron DNA-insertion function.. FEBS Journal 277:244-254. 

Torres-Quesada, O., Oruezabal, R.I., Peregrina, A., Jofré, E., Lloret, J., Rivilla, R., Toro, N., Jiménez-Zurdo, J.I.. (2010). The Sinorhizobium meliloti RNA chaperone Hfq influences central carbon metabolism and the symbiotic interaction with alfalfa. BMC Microbiology 6:Artículo 71 (21 páginas). 

Robledo, M., Jiménez-Zurdo, J.I., Velázquez, E., Trujillo, M.E., Zurdo-Piñeiro, J.L., Ramírez-Bahena, M.H., Ramos, B., Díaz-Mínguez, J.M., Dazzo, F., Martínez-Molina, E. and Mateos, P.F. . (2008). Rhizobium cellulase CelC2 is essential for primary symbiotic infection of legume host roots. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 105:7064-7069. 

Del Papa, M.F.; Pistorio, M.; Dragui, W.O.; Lozano, M.J.; Giusti, M.A.; Medina Morillas, C; Van Dillewijn, P; Martínez-Abarca, F.; Moro Flores, B.; Ruiz Sáinz, J.E.; Megías Guijo, M; Pühler, A.; Niehaus, K.; Toro, N. and Lagares, A.. (2007). Identification and characterization of a nodH ortholog from the alfalfa-nodulating Or191-like rhizobia. Molecular Plant-Microbe Interactions 20:138-145. 

Toro, N.; Jiménez Zurdo, J.I. and García Rodríguez, F.M.. (2007). Bacterial group II introns: not just splicing. FEMS Microbiology Reviews  31:342-358. 

Del Val Muñoz, C.; Rivas, E.; Torres Quesada, O.; Toro, N. and Jiménez Zurdo, J.I.. (2007). Identification of differentially expressed small non-coding RNAs in the legume endosymbiont Sinorhizobium meliloti by comparative genomics . Molecular Microbiology  66:1080-1091. 

Villadas, P.J.; Fernández López, M.; Ramirez Saad, H.C. and Toro, N.. (2007). Rhizosphere-bacterial community in Eperua falcata (Caesalpiniaceae) a putative nitrogen-fixing tree from French Guiana rainforest. Microbial Ecology 53:317-327. 

Nisa Martinez, R.; Jiménez Zurdo, J.I.; Martínez-Abarca Pastor, F.; Munoz Adelantado, E. and Toro, N.. (2007). Dispersion of the RmIntI group II intron in the Sinorhizobium meliloti genome upon acquisition by conjugative transfer. Nucleic Acids Research 35:214-222. 

Publicaciones no indexadas en el ISI Web of Science

José Manuel Torres Rama
Director(es): Pablo José Villadas Latorre (Director), Manuel Fernández López (Tutor)
Titulo: Análisis mediante TGGE-fingerprint de la diversidad de la clase alfa-Proteobacteria asociada a quercíneas del espacio protegido de Sierra Nevada
Lugar: Granada
Fecha: 2010-09-13
Calificación: Sobresaliente


Gloria Torres Cortés
Director(es): Francisco Martínez-Abarca Pastor, Nicolás Toro García
Titulo: Diversidad taxonómica y funcional de la comunidad procariótica de la rizosfera de plantas xerófitas del Altiplano Central de México: una aproximación metagenómica.
Lugar: Granada
Fecha: 2010-07-15
Calificación: Sobresaliente Cum laude por unanimidad


Mercedes Reinoso Colacio
Director(es): Nicolás Toro García
Titulo: Retrohoming del intron RmIntI de Sinorhizobium meliloti en hospedadores heterólogos: Pseudomonas putida
Lugar: Granada
Fecha: 2009-12-17
Calificación: Sobresaliente


Antonio José Fernández González
Director(es): Manuel Fernández López
Titulo: Estudio de la Diversidad Procariótica Asociada a los Robledales y Encinares del Espacio Protegido de Sierra Nevada
Lugar: Granada
Fecha: 2009-12-17
Calificación: Sobresaliente.


Laura Martínez Rodriguez
Director(es): Francisco Martinez-Abarca Pastor
Titulo: Dispersión de intrones del grupo II tipo RmIntI en la familia Rhizobiaceae
Lugar: Granada
Fecha: 2009-09-15
Calificación: Sobresaliente


José Antonio López Contreras
Director(es): Manuel Fernández López
Titulo: Contribución de los microorganismos simbióticos al rendimiento de cosecha de alfalfa en suelos salinos: Sinorhizobium meliloti-Medicago sativa como modelo
Lugar: Granada
Fecha: 2008-09-22
Calificación: Sobresaliente


Omar Torres Quesada
Director(es): José Ignacio Jiménez Zurdo
Titulo: Identificación y caracterización de RNAs no codificantes en el endosimbionte dazotrófico Sinorhizobium meliloti
Lugar: Granada
Fecha: 2008-09-22
Calificación: Sobresaliente


Isabel Chillón Gázquez
Director(es): Nicolás Toro García
Titulo: Caracterización del Splicing (corte y empalme) del intrón del grupo II RmInt1 encontrado en la bacteria Sinorhizobium meliloti
Lugar: Granada
Fecha: 2008-09-22
Calificación: Sobresaliente


Alicia Ortigosa Alcón
Director(es): Nicolás Toro García
Titulo: Estudio de la proteína codificada por el intrón del grupo II, RmInt1, de Sinorhizobium meliloti
Lugar: Granada
Fecha: 2008-06-26
Calificación: Sobresaliente


Mª Dolores Molina Sánchez
Director(es): Nicolás Toro García
Titulo: Intrones del grupo II en Sinorhizobium meliloti: contribución de la proteína y la ribozima codificadas por RmIntI a su escisión y movilidad
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 2008-04-28
Calificación: Sobresaliente cum laude por unanimidad


Antonio Barrientos Durán
Director(es): Nicolás Toro García y Francisco Martínez-Abarca Pastor
Titulo: Bases moleculares para la aplicación biotecnológica del intrón del grupo II RmIntI de Sinorhizobium meliloti
Lugar: Granada
Fecha: 2008-02-25
Calificación: Sobresaliente cum laude