El objetivo general de esta línea de investigación es el conocimiento básico y aplicado de la ecología, la fisiología, la biología molecular, la genómica y la biotecnología de rizobacterias, micorrizas arbusculares y hongos rizosféricos, con el fin de comprender los mecanismos fisiológicos y moleculares que regulan las interacciones planta-microorganismo, permitiendo que su uso en procesos del biofertilización, biodegradación y biocontrol mejoren la sostenibilidad de los agroecosistemas y la calidad del medioambiente.