Environmental Microbiology and Biodegradation

General Objectives

Microorganisms play important roles in their habitats and contribute to the metabolism of all sorts of compounds, with important consequences for ecosystem functioning and maintenance. Our research focuses on the interactions between bacteria and their environment, and especially those interactions that are beneficial for the ecosystem, with the final goal of exploiting microbial activities and capacities in a number of biotechnological applications. Using multidisciplinary approaches including microbiology, molecular biology, structural biology and protein biochemistry, we aim to understand the molecular basis for these microbial activities through two main research lines:

  • Understanding the processes that are crucial in the interaction of the bacteria with their environment, such as chemotaxis, motility, biofilm formation, and cell signaling.
  • Improving bacterial biodegradation capacities to implement efficient bioremediation strategies.

Within the first line of research, we use bacteria of the genus Pseudomonas as a model system. The root-colonizing strain Pseudomonas putida is our model to analyze relevant mechanisms involved in plant-microbe interactions in the rhizosphere, such as the development of biofilms during root colonization, the chemotactic response towards root exudates such as amino acids and Krebs’ cycle intermediates, as well as signaling pathways between bacterial cells or with the plant. We analyse the role of surface determinants (exopolysaccharides, adhesins and other extracellular proteins) in planktonic and sessile bacterial populations, and how the levels and transduction of the second messenger cyclic diguanylate modulates the switch between lifestyles. The human opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa is our model to study host-pathogen interactions, in particular those required for the infection process, with the ultimate goal of finding new antimicrobial compounds that block such interactions and therefore bacterial virulence. Using these bacteria, we study different mechanisms by which bacteria sense environmental and host signals, including chemosensory pathways, one- and two-component systems, and cell-surface signaling systems. Sensory mechanisms currently studied modulate a number of important bacterial functions like chemotaxis, biofilm formation, stress responses, iron uptake, virulence and synthesis and degradation of antibiotics. The identification of environmental signals which define different features of bacterial physiology, and of the specific signal molecules that interact with the sensor proteins, is a necessary requisite for diverse biotechnological applications.
Our research on biodegradation especially targets mono- and polycyclic aromatic hydrocarbons, nitroaromatics, and polychlorinated aromatic compounds, as well as pesticides, among others. We are looking for novel aerobic and anaerobic pathways, their genetic determinants, and the molecular mechanisms controlling their expression. The objectives include the construction of improved strains through metabolic engineering and the molecular analysis of pathway enzymes and regulatory proteins. We are also interested in the bacterial diversity of polluted and pristine sites to investigate the response of microbial communities towards environmental changes and explore them as a source for new activities of biotechnological relevance using metagenomic approaches.
The biological control of pathogens, pollutant elimination and phytoremediation are potential applications of our research.
Research laboratories:





Research Lines

Bioremediation, Rhizoremediation, and Molecular Biology of Pseudomonas of Interest in Plant Protection


Staff
Jefe de Grupo
Datos Personales


Nombre: SILVIA
Apellidos: MARQUÉS MARTÍN
Email: silvia.marques@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 285
Extensión VoIP CSIC: 180285
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Investigador Cientifico Del Csic
Web Personal:
MARQUÉS MARTÍN, SILVIA  E.Investigador Cientifico Del Csic

Jefe de Grupo
Datos Personales


Nombre: JUAN LUIS
Apellidos: RAMOS MARTÍN
Email: juanluis.ramos@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 326
Extensión VoIP CSIC: 180326
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Web Personal:
RAMOS MARTÍN, JUAN LUIS  E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-

Datos Personales


Nombre: REGINA-MICHAELA
Apellidos: WITTICH
Email: rwittich@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 138/321
Extensión VoIP CSIC: 180138/321
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Web Personal:
WITTICH, REGINA-MICHAELA  E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Datos Personales


Nombre: TINO
Apellidos: KRELL
Email: tino.krell@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 294
Extensión VoIP CSIC: 180294
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Investigador Cientifico Del Csic
Web Personal: http://krell-laboratory.com/
KRELL, TINO  E.Investigador Cientifico Del Csic
Datos Personales


Nombre: ANA
Apellidos: SEGURA CARNICERO
Email: ana.segura@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 303
Extensión VoIP CSIC: 180303
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Investigador Cientifico Del Csic
Web Personal:
SEGURA CARNICERO, ANA  E.Investigador Cientifico Del Csic
Datos Personales


Nombre: ESTRELLA
Apellidos: DUQUE MARTÍN DE OLIVA
Email: estrella.duque@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 292/106
Extensión VoIP CSIC: 180292/106
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal:
DUQUE MARTÍN DE OLIVA, ESTRELLA  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales


Nombre: MANUEL
Apellidos: ESPINOSA URGEL
Email: manuel.espinosa@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 132
Extensión VoIP CSIC: 180132
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal: http://www.sociomicrobiologia.es
ESPINOSA URGEL, MANUEL  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales


Nombre: MARIBEL
Apellidos: RAMOS GONZÁLEZ
Email: maribel.ramos@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 116/248
Extensión VoIP CSIC: 180116/248
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal: http://www.sociomicrobiologia.es
RAMOS GONZÁLEZ, MARIBEL  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales

Nombre: PIETER
Apellidos: VAN DILLEWIJN
Email: pieter.vandillewijn@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 115/106
Extensión VoIP CSIC: 180115/106
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal:
VAN DILLEWIJN, PIETER  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales


Nombre: NENÉ
Apellidos: MOLINA HENARES
Email: nene.molina@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 267
Extensión VoIP CSIC: 180267
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Tec.Especialistas De Grado Medio De Oo.Publicos De Invest.
Web Personal:
MOLINA HENARES, NENÉ  E.Tec.Especialistas De Grado Medio De Oo.Publicos De Invest.
Datos Personales


Nombre: JESÚS
Apellidos: DE LA TORRE ZÚÑIGA
Email: jesus.delatorre@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 106
Extensión VoIP CSIC: 180106
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Ayudantes De Invest. De Los Oo.Publicos De Investigacion
Web Personal:
DE LA TORRE ZÚÑIGA, JESÚS  E.Ayudantes De Invest. De Los Oo.Publicos De Investigacion
Datos Personales


Nombre: MARIAN
Apellidos: LLAMAS LORENTE
Email: marian.llamas@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 309 / 291
Extensión VoIP CSIC: 180309 / 291
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Inv. Cont. - Ramon y Cajal
Web Personal:
LLAMAS LORENTE, MARIAN  Inv. Cont. - Ramon y Cajal
Datos Personales


Nombre: MIGUEL ÁNGEL
Apellidos: MATILLA VÁZQUEZ
Email: miguel.matilla@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 118
Extensión VoIP CSIC: 180118
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Inv. Cont. - Juan de la Cierva
Web Personal:
MATILLA VÁZQUEZ, MIGUEL ÁNGEL  Inv. Cont. - Juan de la Cierva
Datos Personales

Nombre: MATILDE
Apellidos: FERNANDEZ RODRIGUEZ
Email: matilde.fernandez@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 266
Extensión VoIP CSIC: 180266
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Investigador Contratado
Web Personal:
FERNANDEZ RODRIGUEZ, MATILDE  Investigador Contratado
Datos Personales

Nombre: VICTOR
Apellidos: GARCIA TAGUA
Email: victor.tagua@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 248
Extensión VoIP CSIC: 180248
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Investigador Contratado
Web Personal:
GARCIA TAGUA, VICTOR  Investigador Contratado
Datos Personales

Nombre: LUIS IGNACIO
Apellidos: GUTIÉRREZ RUS
Email: luis.gutierrez@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 291
Extensión VoIP CSIC: 180291
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Investigador En Practicas
Web Personal:
GUTIÉRREZ RUS, LUIS IGNACIO  Investigador En Practicas
Datos Personales


Nombre: JOSÉ MIGUEL
Apellidos: QUESADA PÉREZ
Email: jose.quesada@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 291
Extensión VoIP CSIC: 180291
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Investigador En Practicas
Web Personal:
QUESADA PÉREZ, JOSÉ MIGUEL  Investigador En Practicas
Datos Personales

Nombre: SILVIA MARINA
Apellidos: BLANCO MOYA
Email: silvia.blanco@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 106
Extensión VoIP CSIC: 180106
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Titulado Superior De Investigacion Y Laboratorio
Web Personal:
BLANCO MOYA, SILVIA MARINA  Titulado Superior De Investigacion Y Laboratorio
Datos Personales


Nombre: CRISTINA
Apellidos: CIVANTOS JIMENEZ
Email: cristina.civantos@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 291
Extensión VoIP CSIC: 180291
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Web Personal:
CIVANTOS JIMENEZ, CRISTINA  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Datos Personales

Nombre: ANA ISABEL
Apellidos: GARCÍA GARCÍA
Email: anaisabel.garcia@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 118
Extensión VoIP CSIC: 180118
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TECNICO SUPERIOR DE GEST. Y SERV. COMUNES
Web Personal:
GARCÍA GARCÍA, ANA ISABEL  TECNICO SUPERIOR DE GEST. Y SERV. COMUNES
Datos Personales

Nombre: ALICIA
Apellidos: GARCIA PUENTE
Email: alicia.garcia@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 266
Extensión VoIP CSIC: 180266
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal:
GARCIA PUENTE, ALICIA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales

Nombre: PATRICIA
Apellidos: MARÍN QUERO
Email: patricia.marin@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 280
Extensión VoIP CSIC: 180280
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal:
MARÍN QUERO, PATRICIA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales


Nombre: MARÍA ANGUSTIAS
Apellidos: REYES FRANCO
Email: mariangustias.reyes@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 110
Extensión VoIP CSIC: 180110
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Laboral
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal:
REYES FRANCO, MARÍA ANGUSTIAS  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales


Nombre: MARÍA LUISA
Apellidos: TRAVIESO HUERTAS
Email: mluisa.travieso@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 248
Extensión VoIP CSIC: 180248
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Laboral
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal: http://www.sociomicrobiologia.es/
TRAVIESO HUERTAS, MARÍA LUISA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales

Nombre: LAURA MARIA
Apellidos: BARRIENTOS MORENO
Email: laura.barrientos@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 267
Extensión VoIP CSIC: 180267
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
BARRIENTOS MORENO, LAURA MARIA  Becari@ Predoctoral
Datos Personales

Nombre: DAVID
Apellidos: MARTIN MORA
Email: david.martin@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 118
Extensión VoIP CSIC: 180118
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
MARTIN MORA, DAVID  Becari@ Predoctoral
Datos Personales

Nombre: JOAQUÍN RODRIGO
Apellidos: OTERO ASMAN
Email: joaquin.otero@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 291
Extensión VoIP CSIC: 180291
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
OTERO ASMAN, JOAQUÍN RODRIGO  Becari@ Predoctoral
Datos Personales

Nombre: DANIEL
Apellidos: PACHECO SANCHEZ
Email: daniel.pacheco@eez.csic.es
Extensión Telefónica: 280
Extensión VoIP CSIC: 180280
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
PACHECO SANCHEZ, DANIEL  Becari@ Predoctoral

Projects

ConCiencia Publications

Publications 2007-2011

Thesis

Previous Publications

Plan of Environmental Quality for Andalusia


Pseudomonas Reference Culture Collection


The EEZ possesses one of the most important and valuable collections in the area of general biodegradation, and in particular of bacteria of the genus Pseudomonas. The EEZ has created a web site for the Pseudomonas culture collection artemisa.eez.csic.es/prcc/through which the international scientific community can request any strain from the collection. To date, the invested funds have been obtained through “Special Grants” (Acciones Especiales) from the Ministry of Science and Education or from the CSIC. The service has been supplying strains to all who have requested them, both nationally and internationally, free of charge. However, from May 1st 2005, strains will be charged a fee of 100 €. We are also beginning to operate different equipments to give external service. This includes the generation of organized mutant banks and selective systems for the isolation of mutant clones.