Estructura, Dinámica y Función de Genomas de Rizobacterias

Esta sublínea se centra en el estudio de los genomas de bacterias rizosféricas, mediante diversos enfoques: • La diversidad genética y funcional de las bacterias en su interacción con las plantas. El estudio de la diversidad genética de las rizobacterias se apoya en novedosas tecnologías de secuenciación de alto rendimiento. En primer lugar, se procede a la hibridación sustractiva por supresión, secuenciación de variedades múltiples y comparaciones de genomas para la caracterización del genoma de Sinorhizobium meliloti, simbionte fijador de nitrógeno. En segundo lugar, se caracterizan los metagenomas de la rizosfera de plantas de interés agronómico y forestal para una mejor comprensión de la relación funcional entre la diversidad metabólica y bacteriana en este nicho ecológico. • El ARNoma (RNome) y la riboregulación de la expresión genética. La genómica comparativa y las aproximaciones de clonación de alto rendimiento se utilizan para evaluar la estructura y los ARN de las α-proteobacterias. Los sRNAs (de “small RNAs”) se caracterizan funcionalmente por ser componentes claves de redes regulatorias que operan en respuestas adaptivas comunes de proteobacterias en las interacciones con sus huéspedes eucariotas. • Mobiloma: aspectos básicos y aplicados de los intrones bacterianos del grupo II. Los intrones bacterianos del grupo II son retroelementos altamente eficientes con especificidad modificable para sitios de ADN diana. Se introducirán rasgos de movilidad de la RmInt1 intrón del grupo II S. meliloti en nuevos protocolos de mutagénesis insercional para la generación de librerías mutantes de rizobacterias diversas. También se investiga su posible aplicación en el “bote o knockdown de genes” en plantas. gene knockdown.

Palabras Clave

Rhizosphere, proteobacteria, Sinorhizobium meliloti, pyrosequencing, pan-genome, core-genome, adaptive-genome, metagenome, mobilome, retroelements, group II introns, ribozymes, RNome, riboregulators, high throughput mutagenesis, genome evolution, bacterial diversity, root colonization, biomarkers, novel enzymes