Environmental Microbiology and Biodegradation

General Objectives

Microorganisms play important roles in their habitats and contribute to the metabolism of all sorts of compounds, with important consequences for ecosystem functioning and maintenance. Our research focuses on the interactions between bacteria and their environment, and especially those interactions that are beneficial for the ecosystem, with the final goal of exploiting microbial activities and capacities in a number of biotechnological applications. Using multidisciplinary approaches including microbiology, molecular biology, structural biology and protein biochemistry, we aim to understand the molecular basis for these microbial activities through two main research lines:

  • Understanding the processes that are crucial in the interaction of the bacteria with their environment, such as chemotaxis, motility, biofilm formation, and cell signaling.
  • Improving bacterial biodegradation capacities to implement efficient bioremediation strategies.

Within the first line of research, we use bacteria of the genus Pseudomonas as a model system. The root-colonizing strain Pseudomonas putida is our model to analyze relevant mechanisms involved in plant-microbe interactions in the rhizosphere, such as the development of biofilms during root colonization, the chemotactic response towards root exudates such as amino acids and Krebs’ cycle intermediates, as well as signaling pathways between bacterial cells or with the plant. We analyse the role of surface determinants (exopolysaccharides, adhesins and other extracellular proteins) in planktonic and sessile bacterial populations, and how the levels and transduction of the second messenger cyclic diguanylate modulates the switch between lifestyles. The human opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa is our model to study host-pathogen interactions, in particular those required for the infection process, with the ultimate goal of finding new antimicrobial compounds that block such interactions and therefore bacterial virulence. Using these bacteria, we study different mechanisms by which bacteria sense environmental and host signals, including chemosensory pathways, one- and two-component systems, and cell-surface signaling systems. Sensory mechanisms currently studied modulate a number of important bacterial functions like chemotaxis, biofilm formation, stress responses, iron uptake, virulence and synthesis and degradation of antibiotics. The identification of environmental signals which define different features of bacterial physiology, and of the specific signal molecules that interact with the sensor proteins, is a necessary requisite for diverse biotechnological applications.
Our research on biodegradation especially targets mono- and polycyclic aromatic hydrocarbons, nitroaromatics, and polychlorinated aromatic compounds, as well as pesticides, among others. We are looking for novel aerobic and anaerobic pathways, their genetic determinants, and the molecular mechanisms controlling their expression. The objectives include the construction of improved strains through metabolic engineering and the molecular analysis of pathway enzymes and regulatory proteins. We are also interested in the bacterial diversity of polluted and pristine sites to investigate the response of microbial communities towards environmental changes and explore them as a source for new activities of biotechnological relevance using metagenomic approaches.
The biological control of pathogens, pollutant elimination and phytoremediation are potential applications of our research.
Research laboratories:





Research Lines

Bioremediation, Rhizoremediation, and Molecular Biology of Pseudomonas of Interest in Plant Protection


Staff
Jefe de Grupo
Datos Personales


Nombre: MIGUEL ÁNGEL
Apellidos: MATILLA VÁZQUEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439084 (office); 439178 (lab)
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal:
MATILLA VÁZQUEZ, MIGUEL ÁNGEL  E.Cientificos Titulares Del Csic

Datos Personales


Nombre: TINO
Apellidos: KRELL
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439158
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Web Personal: http://krell-laboratory.com/
KRELL, TINO  E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Datos Personales


Nombre: JUAN LUIS
Apellidos: RAMOS MARTÍN
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439153
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Web Personal:
RAMOS MARTÍN, JUAN LUIS  E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Datos Personales


Nombre: REGINA-MICHAELA
Apellidos: WITTICH
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439047
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Web Personal:
WITTICH, REGINA-MICHAELA  E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
Datos Personales


Nombre: MANUEL
Apellidos: ESPINOSA URGEL
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439041
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Investigador Cientifico Del Csic
Web Personal: http://www.sociomicrobiologia.es
ESPINOSA URGEL, MANUEL  E.Investigador Cientifico Del Csic
Datos Personales


Nombre: SILVIA
Apellidos: MARQUÉS MARTÍN
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439149
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Investigador Cientifico Del Csic
Web Personal:
MARQUÉS MARTÍN, SILVIA  E.Investigador Cientifico Del Csic
Datos Personales


Nombre: ANA
Apellidos: SEGURA CARNICERO
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439167
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Investigador Cientifico Del Csic
Web Personal:
SEGURA CARNICERO, ANA  E.Investigador Cientifico Del Csic
Datos Personales


Nombre: ESTRELLA
Apellidos: DUQUE MARTÍN DE OLIVA
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439156
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal:
DUQUE MARTÍN DE OLIVA, ESTRELLA  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales


Nombre: MARIAN
Apellidos: LLAMAS LORENTE
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439170
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal:
LLAMAS LORENTE, MARIAN  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales


Nombre: MARIBEL
Apellidos: RAMOS GONZÁLEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439029
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal: http://www.sociomicrobiologia.es
RAMOS GONZÁLEZ, MARIBEL  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales

Nombre: PIETER
Apellidos: VAN DILLEWIJN
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439028
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Cientificos Titulares Del Csic
Web Personal:
VAN DILLEWIJN, PIETER  E.Cientificos Titulares Del Csic
Datos Personales


Nombre: NENÉ
Apellidos: MOLINA HENARES
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439135
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Tec.Especialistas De Grado Medio De Oo.Publicos De Invest.
Web Personal:
MOLINA HENARES, NENÉ  E.Tec.Especialistas De Grado Medio De Oo.Publicos De Invest.
Datos Personales


Nombre: JESÚS
Apellidos: DE LA TORRE ZÚÑIGA
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439208
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Funcionario
Categoría: E.Ayudantes De Invest. De Los Oo.Publicos De Investigacion
Web Personal:
DE LA TORRE ZÚÑIGA, JESÚS  E.Ayudantes De Invest. De Los Oo.Publicos De Investigacion
Datos Personales

Nombre: FRANCISCO JAVIER
Apellidos: MARCOS TORRES
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439155
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Investigador Contratado
Web Personal:
MARCOS TORRES, FRANCISCO JAVIER  Investigador Contratado
Datos Personales


Nombre: MÍRIAM
Apellidos: RICO JIMÉNEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439178
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Investigador Contratado
Web Personal:
RICO JIMÉNEZ, MÍRIAM  Investigador Contratado
Datos Personales

Nombre: CRISTINA
Apellidos: LOMAS MARTINEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439178
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Otros
Categoría: Investigador En Practicas
Web Personal:
LOMAS MARTINEZ, CRISTINA  Investigador En Practicas
Datos Personales

Nombre: JEAN PAUL
Apellidos: CERNA VARGAS
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439030
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Otros
Categoría: Titulado Superior Con Grado De Doctor
Web Personal:
CERNA VARGAS, JEAN PAUL  Titulado Superior Con Grado De Doctor
Datos Personales

Nombre: TAMARA MARÍA
Apellidos: GÓMEZ GALLEGO
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439208
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Titulado Superior Con Grado De Doctor
Web Personal:
GÓMEZ GALLEGO, TAMARA MARÍA  Titulado Superior Con Grado De Doctor
Datos Personales


Nombre: SOPHIE MARIE
Apellidos: MARTIRANI VON ABERCRON
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439145
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Titulado Superior Con Grado De Doctor
Web Personal:
MARTIRANI VON ABERCRON, SOPHIE MARIE  Titulado Superior Con Grado De Doctor
Datos Personales

Nombre: LAZARO
Apellidos: MOLINA DELGADO
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439207
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Titulado Superior Con Grado De Doctor
Web Personal:
MOLINA DELGADO, LAZARO  Titulado Superior Con Grado De Doctor
Datos Personales

Nombre: INÉS
Apellidos: CASTILLO RODRÍGUEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439145
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Web Personal:
CASTILLO RODRÍGUEZ, INÉS  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Datos Personales

Nombre: MARÍA DEL ROCÍO
Apellidos: FERNÁNDEZ GONZÁLEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439145
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Web Personal:
FERNÁNDEZ GONZÁLEZ, MARÍA DEL ROCÍO  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Datos Personales


Nombre: PATRICIA
Apellidos: GODOY ALBA
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439134
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Web Personal:
GODOY ALBA, PATRICIA  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Datos Personales


Nombre: RAFAEL
Apellidos: NISA MARTÍNEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439120
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Web Personal:
NISA MARTÍNEZ, RAFAEL  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Datos Personales

Nombre: ROCIO
Apellidos: PALACIOS FERRER
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439134
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Web Personal:
PALACIOS FERRER, ROCIO  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Datos Personales


Nombre: IVÁN
Apellidos: SÁNCHEZ CASTRO
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica:
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Web Personal:
SÁNCHEZ CASTRO, IVÁN  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
Datos Personales

Nombre: ALICIA
Apellidos: GARCIA PUENTE
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439155
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal:
GARCIA PUENTE, ALICIA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales

Nombre: PATRICIA
Apellidos: MARÍN QUERO
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439145
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal:
MARÍN QUERO, PATRICIA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales

Nombre: DANIEL
Apellidos: PACHECO SANCHEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439145
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Laboral
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal:
PACHECO SANCHEZ, DANIEL  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales

Nombre: ANA
Apellidos: SÁNCHEZ JIMÉNEZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439155
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal:
SÁNCHEZ JIMÉNEZ, ANA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales


Nombre: MARÍA LUISA
Apellidos: TRAVIESO HUERTAS
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439120
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Laboral
Categoría: TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Web Personal: http://www.sociomicrobiologia.es/
TRAVIESO HUERTAS, MARÍA LUISA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
Datos Personales


Nombre: ELIZABET
Apellidos: MONTEAGUDO CASCALES
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439030
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Contratado
Categoría: Doctor
Web Personal:
MONTEAGUDO CASCALES, ELIZABET  Doctor
Datos Personales

Nombre: ANA ÁNGELES
Apellidos: GARCÍA FRANCO
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica:
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
GARCÍA FRANCO, ANA ÁNGELES  Becari@ Predoctoral
Datos Personales

Nombre: SALVADOR
Apellidos: MUÑOZ MIRA
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica:
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
MUÑOZ MIRA, SALVADOR  Becari@ Predoctoral
Datos Personales

Nombre: VERÓNICA
Apellidos: PÉREZ PADILLA
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439135
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
PÉREZ PADILLA, VERÓNICA  Becari@ Predoctoral
Datos Personales


Nombre: MARIA ISABEL
Apellidos: RECIO MUÑOZ
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439134
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
RECIO MUÑOZ, MARIA ISABEL  Becari@ Predoctoral
Datos Personales

Nombre: FÉLIX
Apellidos: VELANDO SORIANO
Teléfono: 958 181600 - Extensión Telefónica: 439030
Grupo o Servicio: Microbiología Ambiental y Biodegradación
Tipo de Personal: Becario
Categoría: Becari@ Predoctoral
Web Personal:
VELANDO SORIANO, FÉLIX  Becari@ Predoctoral

Projects

ConCiencia Publications

Publications 2007-2011

Thesis

Previous Publications

Plan of Environmental Quality for Andalusia


Pseudomonas Reference Culture Collection


The EEZ possesses one of the most important and valuable collections in the area of general biodegradation, and in particular of bacteria of the genus Pseudomonas. The EEZ has created a web site for the Pseudomonas culture collection artemisa.eez.csic.es/prcc/through which the international scientific community can request any strain from the collection. To date, the invested funds have been obtained through “Special Grants” (Acciones Especiales) from the Ministry of Science and Education or from the CSIC. The service has been supplying strains to all who have requested them, both nationally and internationally, free of charge. However, from May 1st 2005, strains will be charged a fee of 100 €. We are also beginning to operate different equipments to give external service. This includes the generation of organized mutant banks and selective systems for the isolation of mutant clones.