La Estación Experimental del Zaidín (EEZ) es un centro propio del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Fue creado en 1955 con el objetivo de realizar investigaciones en los diferentes ámbitos de las Ciencias Agrarias y Geológicas. Tiene su origen en una serie de secciones, dependientes del CSIC, que se crearon a mediados de los años cuarenta en distintas cátedras de las Facultades de Ciencias y Farmacia de la Universidad de Granada. Las dos primeras secciones, Química-Física y Química Agrícola, se crearon en 1946 lideradas por los Dres. Enrique Gutiérrez Ríos y Angel Hoyos de Castro, respectivamente. En 1949 se incorporaron las de Microbiología y Fisiología Vegetal bajo la dirección de los Dres. Vicente Callao Fabregat y Luis Recalde Martínez, respectivamente.
En 1951 se estructuró la base de la futura EEZ, con la incorporación de una nueva sección dedicada a la Química Analítica bajo dirección del Dr. Fermín Capitán García. Con el fin de reunir las diversas secciones dispersas entre diferentes facultades de la Universidad de Granada, en 1950 el CSIC había adquirido un edificio, conocido posteriormente como Casa Blanca, y un terreno circundante de cerca de 2250 m2, situados al lado de la actual Avenida de Cervantes. Este edificio comenzó a ser operativo en 1953 y fue ocupado por las secciones mencionadas anteriormente. Dos años más tarde, el edificio emblemático de la EEZ, conocido como Casa Amarilla, fue adquirido para el establecimiento de nuevos laboratorios y administración.
El primer director de la EEZ como instituto del CSIC fue el Dr. Enrique Gutiérrez Ríos, que permaneció en dicho cargo hasta 1957. En ese año, una nueva sección, denominada Mineralogía de Arcillas, fue agregada a la estructura de la EEZ, con el Dr. Juan Luis Martín Vivaldi como cabeza de sección. El Dr. Ángel Hoyos de Castro fue director del instituto desde 1957 hasta 1961. En 1958, una nueva sección de Fisiología Animal fue creada bajo supervisión del Dr. Gregorio Valera Mosquera. Ésta fue una decisión determinante en el futuro de la EEZ puesto que las investigaciones sobre animales ampliaron los objetivos iniciales enfocados a plantas y suelo. En 1961 se designó al Dr. Luis Recalde Martínez director del instituto, el cual permaneció en su cargo hasta 1979. Durante este período la estructura de la EEZ se amplió con la incorporación de dos nuevas secciones, una dedicada a la Mineralogía de Suelos, con el Dr. Miguel Delgado Rodríguez como líder, y una segunda a la Agrometeorología, supervisada por especialistas de otros organismos. Además, una sección de Estadística, coordinada por el Dr. Alfonso Guiraum Martínez, se estableció en base a un Servicio creado previamente en 1957. Las secciones diseñadas inicialmente cambiaron con el tiempo y nuevas secciones comienzaron a funcionar en 1970, la de Bioquímica, con el Dr. Federico Mayor Zaragoza como cabeza de sección, y el laboratorio de Botánica, supervisado por el Dr. Fernando Esteve Chueca. A principios de este año, se inició la construcción de un nuevo edificio conocido como Casa Roja. El Dr. Manuel Lachica Garrido fue el director de la EEZ a partir de 1979 y hasta 1983 y, debido a las directrices dadas desde del CSIC, las secciones anteriores fueron reorganizadas en Unidades Estructurales. La EEZ, por tanto, pasó a estar formada por nueve de ellas: Físico-Química y Geoquímica Mineral, Edafología y Botánica, Fisiología Vegetal, Química Agrícola, Fitopatología, Microbiología, Bioquímica Vegetal, Fisiología animal, y Química Analítica. Bajo la dirección del Dr. Lachica, la EEZ celebró su 25 aniversario en el año 1980. El Dr. Julio Boza fue el siguiente director de la EEZ, a partir de 1983 y hasta 1989. En ese período el CSIC comenzó a redefinir sus líneas de investigación y sus objetivos se centraron en aspectos biológicos (animal, planta y microorganismos) más que en aspectos edáficos.
Desde 1989 y hasta 1998, el Dr. José Miguel Barea Navarro fue director del instituto. En este periodo la EEZ consolida su estructura científica (personal, equipos y publicaciones), principalmente gracias a la internacionalización de su investigación, en la que diversos grupos de la EEZ intervienen en los diversos programas competitivos desarrollados por la UE. Las nueve unidades estructurales fueron entonces reorganizadas en cinco departamentos: Agroecología y Protección Vegetal; Bioquímica, Biología Molecular y Celular de Plantas; Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos, Nutrición Animal; y Ciencias de la Tierra y Química Ambiental. El Dr. Juan Luis Ramos Martín se hizo cargo de la dirección de la EEZ en 1998 y permaneció hasta 2007. En 1999 la unidad de Nutrición Animal dejó físicamente la sede central de la EEZ y se estableció en Armilla, un pequeño pueblo cerca de Granada. En 2002 diversos edificios emblemáticos fueron renovados y comenzó la construcción de un nuevo edificio, que sustituiría a la anterior Casa Blanca. Este nuevo edificio fue inaugurado en mayo de 2005, junto con un nuevo auditorio, coincidiendo con la celebración del 50 aniversario de la EEZ. En este periodo, diez nuevos invernaderos fueron construidos con el fin de sustituir a los antiguos y diversos edificios fueron adaptados a nuevos usos tales como Biblioteca, laboratorios adicionales, cámaras de cultivo de plantas, etc. Este periodo puede considerarse como uno de los más fructíferos tanto para el desarrollo de infraestructuras como para incorporación de personal, relacionado principalmente con el desarrollo del plan estratégico 2005-2009 encomendado por el CSIC. En el marco de dicho Plan Estratégico, la EEZ fue reorganizada de nuevo en marzo de 2007 en los siguientes departamentos: Bioquímica, Biología Molecular y Celular de Plantas; Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos; Protección Ambiental; y Geoquímica Ambiental. Además, el Departamento de Nutrición Animal comenzó su andadura hacia la creación de un instituto dentro de la estructura de la EEZ. Por otra parte, se iniciaron las gestiones para unir el Departamento de Geoquímica Ambiental al Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra, con el fin de desarrollar un nuevo Centro independiente encuadrado en el ámbito de las Ciencias de la Tierra.
El Dr. Nicolás Toro García asumió la dirección de la EEZ entre 2007 y 2013, siendo responsable del desarrollo del Plan Estratégico 2010-2013 y la propuesta del actual Plan Estratégico 2014-2017. En el primero, la EEZ se estructura en base a tres departamentos: Bioquímica, Biología Molecular y Celular de Plantas; Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos; y Protección Ambiental, mientras que el Departamento de Nutrición Animal sigue su desarrollo como Instituto en Formación, pero integrado en la estructura de la EEZ. Se crean nuevos servicios científicos (Instrumentación, Microscopía, Secuenciación, y Cámaras e Invernaderos) y se pone en marcha la Oficina de Transferencia de Tecnología y la Unidad de Cultura Científica y de la Innovación. A finales de 2010 se inauguraron dos nuevos edificios: uno que alberga al departamento de Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos y una cafetería-comedor. Además, en este período se lleva a cabo la ampliación del edificio ocupado por el Instituto en Formación de Nutrición Animal, y el traslado a Armilla del departamento de Geoquímica Ambiental, para formar ya parte de la estructura propia del nuevo Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra, un centro mixto CSIC-Universidad de Granada.
En 2014, tras unos meses en que el Dr. José Manuel Palma Martínez ejerció las funciones de director, la Dra. Matilde Barón Ayala es nombrada directora de la EEZ, asumiendo el desarrollo del actual Plan Estratégico 2014-2017. En él, y siguiendo las directrices de la Comisión de Área de Ciencias Agrarias, Nutrición Animal deja de ser Instituto en Formación y vuelve a ser departamento, con el nombre de Fisiología y Bioquímica de la Nutrición Animal. Así, la EEZ queda estructurada en cuatro departamentos con un total de 19 grupos de investigación, más un grupo extradepartamental (Pastos y Sistemas Silvopastorales Mediterráneos).
El 4 de mayo de 2015, la EEZ celebró su 60 cumpleaños.