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General objectives

Microorganisms play important roles in their habitats and contribute to the metabolism of all sorts of compounds, with important consequences for ecosystem functioning and maintenance. Our research focuses on the interactions between bacteria and their environment, and especially those interactions that are beneficial for the ecosystem, with the final goal of exploiting microbial activities and capacities in a number of biotechnological applications. Using multidisciplinary approaches including microbiology, molecular biology, structural biology and protein biochemistry, we aim to understand the molecular basis for these microbial activities through two main research lines:

  • Understanding the processes that are crucial in the interaction of the bacteria with their environment, such as chemotaxis, motility, biofilm formation, and cell signaling.
  • Improving bacterial biodegradation capacities to implement efficient bioremediation strategies.

 

Within the first line of research, we use bacteria of the genus Pseudomonas as a model system. The root-colonizing strain Pseudomonas putida is our model to analyze relevant mechanisms involved in plant-microbe interactions in the rhizosphere, such as the development of biofilms during root colonization, the chemotactic response towards root exudates such as amino acids and Krebs’ cycle intermediates, as well as signaling pathways between bacterial cells or with the plant. We analyse the role of surface determinants (exopolysaccharides, adhesins and other extracellular proteins) in planktonic and sessile bacterial populations, and how the levels and transduction of the second messenger cyclic diguanylate modulates the switch between lifestyles. The human opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa is our model to study host-pathogen interactions, in particular those required for the infection process, with the ultimate goal of finding new antimicrobial compounds that block such interactions and therefore bacterial virulence. Using these bacteria, we study different mechanisms by which bacteria sense environmental and host signals, including chemosensory pathways, one- and two-component systems, and cell-surface signaling systems. Sensory mechanisms currently studied modulate a number of important bacterial functions like chemotaxis, biofilm formation, stress responses, iron uptake, virulence and synthesis and degradation of antibiotics. The identification of environmental signals which define different features of bacterial physiology, and of the specific signal molecules that interact with the sensor proteins, is a necessary requisite for diverse biotechnological applications.
Our research on biodegradation especially targets mono- and polycyclic aromatic hydrocarbons, nitroaromatics, and polychlorinated aromatic compounds, as well as pesticides, among others. We are looking for novel aerobic and anaerobic pathways, their genetic determinants, and the molecular mechanisms controlling their expression. The objectives include the construction of improved strains through metabolic engineering and the molecular analysis of pathway enzymes and regulatory proteins. We are also interested in the bacterial diversity of polluted and pristine sites to investigate the response of microbial communities towards environmental changes and explore them as a source for new activities of biotechnological relevance using metagenomic approaches.
The biological control of pathogens, pollutant elimination and phytoremediation are potential applications of our research.

Research laboratories

Bloque-Datos-Grupo-English

Jefe de Grupo
ESPINOSA URGEL, MANUEL  E.Investigador Cientifico Del Csic

KRELL, TINO  E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
RAMOS MARTÍN, JUAN LUIS  E.Profesores Invest.Consejo Sup.Invest.Cientificas -Csic-
MARQUÉS MARTÍN, SILVIA  E.Investigador Cientifico Del Csic
SEGURA CARNICERO, ANA  E.Investigador Cientifico Del Csic
DUQUE MARTÍN DE OLIVA, ESTRELLA  E.Cientificos Titulares Del Csic
LLAMAS LORENTE, MARIAN  E.Cientificos Titulares Del Csic
MATILLA VÁZQUEZ, MIGUEL ÁNGEL  E.Cientificos Titulares Del Csic
RAMOS GONZÁLEZ, MARIBEL  E.Cientificos Titulares Del Csic
VAN DILLEWIJN, PIETER  E.Cientificos Titulares Del Csic
MOLINA HENARES, NENÉ  E.Tec.Especialistas De Grado Medio De Oo.Publicos De Invest.
FERNÁNDEZ LÓPEZ, MARINA  TITULADO MEDIO DE ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
DE LA TORRE ZÚÑIGA, JESÚS  E.Ayudantes De Invest. De Los Oo.Publicos De Investigacion
MARCOS TORRES, FRANCISCO JAVIER  Investigador Contratado
RICO JIMÉNEZ, MÍRIAM  Investigador Contratado
LOMAS MARTINEZ, CRISTINA  Investigador En Practicas
CERNA VARGAS, JEAN PAUL  Titulado Superior Con Grado De Doctor
GÓMEZ GALLEGO, TAMARA MARÍA  Titulado Superior Con Grado De Doctor
MARTIRANI VON ABERCRON, SOPHIE MARIE  Titulado Superior Con Grado De Doctor
MOLINA DELGADO, LAZARO  Titulado Superior Con Grado De Doctor
CASTILLO RODRÍGUEZ, INÉS  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
FERNÁNDEZ GONZÁLEZ, MARÍA DEL ROCÍO  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
GODOY ALBA, PATRICIA  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
NISA MARTÍNEZ, RAFAEL  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
PALACIOS FERRER, ROCIO  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
SÁNCHEZ CASTRO, IVÁN  TITULADO SUP. ACTIVIDADES TECN. Y PROF.
GARCIA PUENTE, ALICIA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
MARÍN QUERO, PATRICIA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
MOLES SANTIAGO, SABINA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
PACHECO SANCHEZ, DANIEL  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
SÁNCHEZ JIMÉNEZ, ANA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
TRAVIESO HUERTAS, MARÍA LUISA  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
VAZQUEZ SANTIAGO, RAQUEL  TECNICO SUP. ACTIVIDADES TEC. Y PROFES.
GARCÍA FRANCO, ANA ÁNGELES  Becari@ Predoctoral
GENOVA, ROBERTA  Becari@ Predoctoral
PÉREZ PADILLA, VERÓNICA  Becari@ Predoctoral
RECIO MUÑOZ, MARIA ISABEL  Becari@ Predoctoral
VELANDO SORIANO, FÉLIX  Becari@ Predoctoral

TRACE-Soils: Mechanisms underlying TRAde-offs between Carbon sequestration, greenhouse gas Emissions and nutrient losses in Soils under conservation agriculture in Europe. (Towards climate-smart sustainable management of agricultural soils)
Referencia: Proyecto Europeo (H2020-FOOD/0648)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín (Coordinadora del Proyecto Europeo: Marta Goberna, INIA)
Año Inicio: 2020 Año Fin: 2025
Objetivos: El secuestro de C y la pérdida de nutrientes y emisiones de gases de efecto invernadero en suelo en los ecosistemas agrícolas influyen en la calidad del suelo y la biodiversidad, En este proyecto estudiamos los mecanismos moleculares subyacentes a estos fenómenos, en particular la relación entre C y P. Se persigue definir nuevos predictores abióticos y bióticos de calidad del suelo. Mediante modelos mateméticos se analizarán las emisiones a nivel regional y plantearán escenarios de mitigación
Otro Personal:





Preparing for the "Soil Deal for Europe" Mission
Referencia: HORIZON-MISS-SOIL-01-01 (EU240252_02)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2022 Año Fin: 2025
Objetivos:
Otro Personal:





Comprensión de la función de quimiorreceptores en bacterias patógenas
Referencia: Plan Estatal, Generación del Conocimiento (PID2020-112612GB-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2024
Objetivos: Una vía alternativa en la lucha contra las bacterias patógenas consiste en interferir en la función de los quimiorreceptores. En este proyecto se identificará la función de quimiorreceptores en el patógeno humano Pseudomonas aeruginosa y en el fitopatógeno Pectobacterium atrosepticum utilizando aproximaciones de Microbiología, Bioinformática, Bioquímica, y Biología estructural de proteínas. Los principales colaboradores de este proyecto son investigadores líderes en EE.UU., Alemania y España.
Otro Personal:





Señalización intra- e inter-reino durante rizorremediación
Referencia: Plan Estatal, Generación del Conocimiento (PID2020-116766GB-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2024
Objetivos: El proyecto pretende avanzar en el conocimiento de las interacciones planta-microorganismos durante la rizorremediación. Se identificarán las respuestas y metabolitos (hormonas vegetales, señales reconocidas por LuxR bacterianos y fuentes de carbono secretadas por la planta) durante la rizorremediación con trébol y Novosphingobium sp. HR1a, y se analizarán, en ecosistemas de trébol/hierba/bacteria, la eliminación de contaminantes y las posibles mejoras en biomasa vegetal en suelos contaminados
Otro Personal: Pieter van Dillewijn, Regina Michaela Wittich





Favoreciendo el uso de nanocelulosa para el desarrollo de nuevos materiales sostenibles en aplicaciones cosméticas, biofertilizantes y bioplásticos
Referencia: Plan Estatal, Líneas Estratégicas (PLEC2021-008210)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2024
Objetivos:
Otro Personal:





Combatiendo al patógeno humano Pseudomonas aeruginosa mediante la inhibicion de la señalizacion celular mediada por factores sigmaECF
Referencia: Plan Estatal, Generación del Conocimiento (PID2020-115682GB-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: M. Antonia Llamas Lorente
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2024
Objetivos: Pseudomonas aeruginosa es un patógeno humano que causa una amplia gama de infecciones agudas y crónicas. Debido a su propagación mundial y al número creciente de cepas multirresistentes a antibióticos, la OMS ha declarado a esta bacteria como uno de los patógenos en los que la investigación y desarrollo de nuevas estrategias para su erradicación resulta prioritario. Los factores sigma de función extracitoplásmica (ECF) son importantes proteínas de señalización que controlan muchas procesos de virulencia en P. aeruginosa. El objetivo de este proyecto es estudiar diferentes aspectos de la señalización a través de factores sigmaECF con el fin de identificar nuevas dianas para el desarrollo de nuevos antimicrobianos capaces de bloquear la virulencia de este patógeno.
Otro Personal:





Producción bacteriana de polímeros de valor añadido en condiciones microaerófilas a partir de residuos y contaminantes. Fisiología, regulación y optimización.
Referencia: Plan Estatal, Retos de la Sociedad (PID2020-113144RB-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2024
Objetivos: El objetivo global es contribuir a una economía más verde generando herramientas biotecnológicas para la transformación de residuos agroalimentarios en el polímero de valor añadido nanocelulosa. Objetivos concretos: analizar la capacidad de producción de nanocelulosa de un mutante sobreproductor; analizar las características metabólicas que influyen en la eficiencia de producción a partir de diferentes fuentes de carbono, con el objetivo final de aumentar las posibilidades de explotación de la cepa
Otro Personal: Regina Michaela Wittich





Mecanismos del reconocimiento de auxinas por bacterias beneficiosas asociadas a plantas
Referencia: Plan Estatal, Generación del Conocimiento (PID2019-103972GA-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Miguel A. Matilla Vázquez
Año Inicio: 2020 Año Fin: 2023
Objetivos: Muchas bacterias asociadas a plantas sintetizan ácido indolacético (AIA), una auxina esencial para el desarrollo vegetal y clave en la interacción planta-bacteria. Un número creciente de datos experimentales evidencian el papel del AIA como una molécula señal en bacterias. Este proyecto tiene como objetivos investigar los procesos y mecanismos regulados por el AIA en bacterias beneficiosas de plantas, entre ellas, un agente de biocontrol y una bacteria con capacidad para metabolizar esta auxina.
Otro Personal:





Biofilms y colonización de plantas por bacterias beneficiosas y patógenas: señales ambientales y metabólicas, regulación por c-di-GMP y relevancia en protección vegetal
Referencia: Plan Estatal, Generación de Conocimiento (PID2019-109372GB-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel, Co-IP: Mª Isabel Ramos González
Año Inicio: 2020 Año Fin: 2023
Objetivos: El desarrollo de comunidades sésiles multicelulares (biofilms) es una estrategia clave para la persistencia bacteriana en diferentes entornos. El objetivo del proyecto es comprender los factores que determinan este estilo de vida en bacterias asociadas a plantas: cepas beneficiosas de Pseudomonas putida y P. stutzeri, y el fitopatógeno Xylella fastidiosa. Se analizan los procesos de señalización en relación a segundos mensajeros y señales ambientales, y los mecanismos reguladores subyacentes.
Otro Personal:





Eliminando el desfase en la producción industrial de nanocelulosa bacteriana a partir de residuos: escalado y análisis de rentabilidad para el desarrollo de productos de mercado
Referencia: Plan Estatal, Pruebas de Concepto (PDC2021-121193-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2023
Objetivos:
Otro Personal: Regina M. Wittich





Open Researchers 2022-23
Referencia: HORIZON-MSCA-2022-CITIZENS-01 (EU237890_02)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2022 Año Fin: 2023
Objetivos:
Otro Personal:





Microbioma marino contra el cáncer (MARBIOM).
Referencia: Plan Estatal, Retos Colaboración (RTC-2017-6405-1).
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2022
Objetivos: Se pretende valorar la capacidad del microbioma marino para identificar nuevas moléculas con actividad antitumoral, básicamente metabolitos policétidos y péptidos no ribosomales: generar una colección de bacterias anaerobias a partir de muestras ambientales; obtener biomasa y extractos para el screening de actividad antitumoral; generar metagenomas de las muestras originales para prospección de genes PKS/NRPS; cultivar selectivamente los microorganismos de interés detectados mediante metagenómica
Otro Personal:





Potencial biotecnológico de Novosphingobium sp. HR1a para la síntesis de combustibles a partir de polímeros vegetales
Referencia: Junta de Andalucía, Proyectos de Generación de Conocimiento Frontera (PY20_0061 / CA17211)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2022
Objetivos: El proyecto evaluará la producción de alcanos por Novosphingobium sp. HR1a a partir de polímeros vegetales con la reutilización posterior de esta cepa en procesos de biorremediación. Se plantea: i) explorar la capacidad de la cepa de degradar polímeros vegetales; ii) identificar y modificar las rutas metabólicas de ácidos grasos; iii) producir alcanos a partir de glucosa y polímeros vegetales; iv) analizar la utilización de las bacterias usadas en la producción para biorremediar suelos.
Otro Personal: Regina Michaela Wittich





Mecanismos de señalización en P. aeruginosa: nuevas estrategias para combatir este patógeno humano
Referencia: Proyectos de Generación de Conocimiento Frontera, Junta de Andalucía 2018 (P18-FR-1621 / CA11199)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell, Co-IP: Mª Antonia Llamas Lorente
Año Inicio: 2020 Año Fin: 2022
Objetivos: La interferencia con los mecanismos de traducción de señales es una estrategia prometedora para luchar contra bacterias patógenas. Pseudomonas aeruginosa es uno de los patógenos humanos más temidos. Mediante aproximaciones de bioinformática, biofísica y biología estructural, se estudiarán dos importantes vías de señalización, la quimioseñalización y la señalización por factores sigma de función extracitoplásmica, con el objetivo de identificar nuevas dianas moleculares para combatir patógenos.
Otro Personal:





Caracterización molecular y evolución de fosfatasas ácidas para aplicaciones industriales
Referencia: Junta de Andalucía, Proyectos de Investigación orientados a los Retos de la Sociedad Andaluza (PY20_0049 / CA17180)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2022
Objetivos: Las fosfatasas ácidas son enzimas que contribuyen al ciclo biogeoquímico del fósforo, facilitando la hidrólisis de ésteres de fosfato en moléculas orgánicas. La fosfatasa ácida FS1 es una proteína “extremófila”. Se persigue caracterizar sus propiedades cinéticas, desvelar las bases moleculares de sus propiedades “extremófilas”, cristalizar la proteína y mediante análisis comparativos con otras fosfatasas trazar la evolución de FS1 para alcanzar las características de “enzima extremófila”.
Otro Personal: Estrella Duque Martín de Oliva





Desarrollo de sistemas bio-mecano-químicos para la captura de CO2 ambiental
Referencia: Junta de Andalucía, Proyectos de Investigación orientados a los Retos de la Sociedad Andaluza (PY20-00328 / CA17183)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2022
Objetivos: El objetivo global es contribuir a la mitigación de la huella de carbono, especialmente en el entorno andaluz. El proyecto pretende diseñar un sistema eficiente de doble de captura de CO2 ambiental: Establecer un sistema eficiente para la producción de nanocelulosa utilizando CO2 como única fuente de C, y entender los mecanismos subyacentes al proceso; modificar superficialmente la celulosa bacteriana mediante reacciones mecanoquímicas para el diseño de un material adsorbente de CO2 ambiental.
Otro Personal: Regina Michaela Wittich, Luis Serrano Cantador (Universidad de Córdoba)





Conversión microbiana de residuos lignocelulósicos en productos de valor añadido / Microbial conversion of lignocellulosic residues into added-value products. Ayudas Extraordinarias para Preparación de Proyectos 2021.
Referencia: CSIC, Ayudas Extraordinarias para Preparación de Proyectos 2020 (2021AEP084, Proyecto RTI2018-094370-B-I00).
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín, Estrella Duque Martín de Oliva
Año Inicio: 2022 Año Fin: 2022
Objetivos: CREVAL es una Plataforma de Pseudomonas para sintetizar bioproductos de valor añadido a partir de azúcares 2G que por su naturaleza son tóxicos para otros microorganismos. Se profundizará en los mecanismos de tolerancia a productos tóxicos y obtener cepas que superen a las actuales en cuanto a tolerancia a disolventes. Se ensamblarán genes heterólogos en Pseudomonas para producir 2-feniletanol, estireno y alcoholes de cadena media, productos tóxicos para la mayoría de los microorganismos
Otro Personal:





Innovación de sistemas de biorremediación biobed mediante bioaumentación y nuevos materiales adsorbentes para eliminar contaminantes emergentes y plaguicidas de las aguas
Referencia: Plan Estatal (CTM2017-86504-R)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Esperanza Romero Taboada, Co-Investigador Principal: Pieter van Dillewijn
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal:





Conversión microbiana de residuos lignocelulósicos en productos de valor añadido / Microbial conversion of lignocellulosic residues into added-value products
Referencia: Plan Estatal, Retos de la Sociedad (RTI2018-094370-B-I00)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín, Co-IP: Estrella Duque Martín de Oliva
Año Inicio: 2019 Año Fin: 2021
Objetivos: CREVAL es una Plataforma de Pseudomonas para sintetizar bioproductos de valor añadido a partir de azúcares 2G que por su naturaleza son tóxicos para otros microorganismos. Se profundizará en los mecanismos de tolerancia a productos tóxicos y obtener cepas que superen a las actuales en cuanto a tolerancia a disolventes. Se ensamblarán genes heterólogos en Pseudomonas para producir 2-feniletanol, estireno y alcoholes de cadena media, productos tóxicos para la mayoría de los microorganismos
Otro Personal:





Red de suelos
Referencia: Plan Estatal, Acciones de Dinamización - Redes de Investigación (RED2018-102624-T)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2020 Año Fin: 2021
Objetivos: La Red pretende potenciar la investigación española en aspectos relacionados con el manejo y conservación del suelo, así como concienciar a los diferentes actores (agricultores, políticos, investigadores y población en general) de la importancia del suelo y de su buen uso. Los grupos implicados actuarán para identificar los problemas de los suelos españoles y proponer actuaciones de mejora, fortaleciendo la investigación de excelencia y promoviendo la educación en el uso sostenible del suelo
Otro Personal:





AEPP 2020: Identificación sistemática y de alto rendimiento de moléculas señal reconocidas por proteínas sensoras bacterianas (BIO2016-76779-P)
Referencia: Ayudas Extraordinarias para preparación de Proyectos en el Marco del PE 2020, CSIC (2020AEP092)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal:

AEPP 2020: Bioremediación de compuestos aromáticos en condiciones de limitación de oxígeno, con énfasis en la producción de polímeros de valor añadido a partir de aromáticos policíclicos (BIO2017-82242-R)
Referencia: Ayudas Extraordinarias para preparación de Proyectos en el Marco del PE 2020, CSIC (2020AEP091)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal: Regina M. Wittich





AEPP 2020: Detección y respuesta al ambiente: señalización celular bacteriana mediada por factores sigma de función extracitoplásmica (ECF) (BIO2017-83763-P)
Referencia: Ayudas Extraordinarias para preparación de Proyectos en el Marco del PE 2020, CSIC (2020AEP089)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Mª Antonia Llamas Lorente
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal:





Mecanismos moleculares de la señalización mediada por la fitohormona ácido indolacético en fitobacterias beneficiosas para cultivos vegetales.
Referencia: Proyecto Intramural Especial - Incorporación P. Científico, CSIC (202040I003)
Investigador Principal: Miguel A. Matilla Vázquez
Año Inicio: 2020 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal:





AEPP 2020: Descifrando las interacciones entre Sphingomonadaceae y plantas: análisis para una rizorremediación avanzada (BIO2017-85994-P)
Referencia: Ayudas Extraordinarias para preparación de Proyectos en el Marco del PE 2020, CSIC (2020AEP085)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2021 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal: Regina Michaela Wittich





Mejora del potencial analítico del Servicio de Instrumentación de la Estación Experimental del Zaidín
Referencia: PE-ADQUISICION DE EQUIPAMIENTO CIENTIFICO-Subprograma Estatal de Infraestructuras de Investigación y Equipamiento Científico-Técnico-PEGCFCT-SISTEMA I+D+I - PLAN EST. 2017-2020 (EQC2019-005472-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2019 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal:





Solicitud de equipamiento que permita implantar un Plan de Gestión de Calidad en los laboratorios del Departamento de Protección Ambiental (DPA)
Referencia: PE-ADQUISICION DE EQUIPAMIENTO CIENTIFICO-Subprograma Estatal de Infraestructuras de Investigación y Equipamiento Científico-Técnico-PEGCFCT-SISTEMA I+D+I - PLAN EST. 2017-2020 (EQC2019-005523-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2019 Año Fin: 2021
Objetivos:
Otro Personal:





Identificación sistemática y de alto rendimiento de moléculas señal reconocidas por proteínas sensoras bacterianas
Referencia: Plan Estatal (BIO2016-76779-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2016 Año Fin: 2020
Objetivos:
Otro Personal:





Descifrando las interacciones entre Sphigomonadaceae y plantas: análisis para un rizorremediación avanzada
Referencia: Plan Estatal (BIO2017-85994-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2020
Objetivos:
Otro Personal:





Detección y respuesta al ambiente: señalización celular bacteriana mediada por factores sigma de función extracitoplásmica (ECF)
Referencia: Plan Estatal (BIO2017-83763-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Marian Llamas Lorente
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2020
Objetivos:
Otro Personal:





Bioremediación de compuestos aromáticos en condiciones de limitación de oxígeno, con énfasis en la producción de polímeros de valor añadido a partir de hidrocarburos aromáticos policíclicos
Referencia: Plan Estatal (BIO2017-82242-R)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2020
Objetivos:
Otro Personal:





Biosensores universales
Referencia: Plan Estatal, Explora (BIO2017-91210-EXP).
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2020
Objetivos:
Otro Personal:





AEPP 2019: Integración de señales reguladoras y respuesta a estrés oxidativo en biofilms de Pseudomonas putida asociados a superficies abióticas y vegetales (BFU2016-80122-P)
Referencia: Ayudas Extraordinarias para Preparación de Proyectos en el Marco del PE 2019, CSIC (2019AEP196)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel, Co-IP: M. Isabel Ramos González
Año Inicio: 2020 Año Fin: 2020
Objetivos:
Otro Personal:





Adquisición de un Microcalorímetro de Titulación Isotérmica (MTI) para el Servicio de Instrumentación de la EEZ
Referencia: PE-ADQUISICION DE EQUIPAMIENTO CIENTIFICO-Subprograma Estatal de Infraestructuras de Investigación y Equipamiento Científico-Técnico- PEGCFCT- SISTEMA I+D+I - PLAN EST. 2017-2020 (EQC2018-004371-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2020
Objetivos:
Otro Personal:





Integración de señales reguladoras y respuesta a estrés oxidativo en biofilms de Pseudomonas putida asociados a superficies abióticas y vegetales
Referencia: Plan Estatal (BFU2016-80122-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel, Co-IP: Mª Isabel Ramos González.
Año Inicio: 2016 Año Fin: 2019
Objetivos:
Otro Personal:





Eliminación de hidrocarburos en suelos y aguas marinas
Referencia: Proyecto Intramural, CSIC (201740E096)
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2017 Año Fin: 2019
Objetivos:
Otro Personal:





Detección y respuesta al ambiente: desentrañando la complejidad de la señalización celular bacteriana
Referencia: Ayudas para la incorporación de personal investigador a las escalas científicas del CSIC (201840I004)
Investigador Principal: Mª Antonia Llamas Lorente
Año Inicio: 2018 Año Fin: 2019
Objetivos:
Otro Personal:





Tecnologías de alto rendimiento aplicadas a la biorremediación de contaminantes aromáticos (TARABioCA)
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (P12-BIO-772)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Pieter van Dillewijn
Año Inicio: 2014 Año Fin: 2018
Objetivos:
Otro Personal: Regina-Michaela Wittich, Ana Segura Carnicero





Persistencia de patógenos en poblaciones bacterianas asociadas a plantas en ambientes salinos
Referencia: Programa EMHE-CSIC 2015 (MHE-200019)
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2016 Año Fin: 2018
Objetivos:
Otro Personal:





Sistemas de biorremediación biobeds con residuos agroindustriales para eliminar contaminantes orgánicos de aguas: biodisponibilidad y aspectos microbiólogicos y moleculares.
Referencia: Plan Estatal (CTM2013-44271-R)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Esperanza Romero Taboada, Pieter van Dillewijn (Co-Investigador Principal)
Año Inicio: 2014 Año Fin: 2018
Objetivos: El proyecto pretende, por un lado, optimizar sistemas de bioremediación biobeds para degradar contaminantes emergentes procedentes de la industria farmacéutica ycosmética (PPCPs) que se han detectado en la salida de plantas de tratamiento de aguas residuales y por otro lado,potenciar su efectividad para aumentar la tasa de degradación de los plaguicidas más persistentes identificados en un Proyecto anterior (CTM2010-16807). Para ello, se seguirán dos aproximaciones diferentes: 1.- Se profundizará en el conocimiento de los SBB, mediante la identificación de metabolitos intermedios que pudieran acumularse, estudiando las poblaciones microbianas e identificando los genes quecodifiquen actividades que participen en la metabolización de estos compuestos. 2.- Se potenciará la eficacia de los SBB incrementando la biodisponibilidad de los contaminantes orgánicos más persistentes (plaguicidas y PPCPs) y biaumentandolos con cepas degradadoras de esos compuestos y sus metabolitos. Para medir la biodisponibilidad se empleara una técnica innovadora basada en el método de dilución isotópica. Paraincrementar los valores de biodisponibilidad de los contaminantes y/o metabolitos se desarrollaran y utilizarán tés decompost/vermicompost. En la bioaumentación se emplearan cepas bacterianas preferentemente originarias de los SBB. Las cepas bacterianas seleccionadas serán identificadas y se determinará mediante ensayos funcionales, su capacidad para mineralizar contaminantes, generándose por ello, librerías metagenómicas con nueva información genética sobre las actividades clave que rigen la descontaminación en los SBB. Es posible que los compuestos sean demasiado complejos para ser degradados por las bacterias naturales de los SBB, en estos casos, se introducirán losgenes/actividades identificados en bacterias ya conocidas para aumentar la capacidad de degradación de loscontaminantes ensayados. El objetivo finalista del proyecto es el desarrollo de sistemas de biorremediación con el fin de evitar la contaminación puntual que se produce durante el manejo de plaguicidas e investigar si esos sistemas pueden ser una tecnología para la eliminación de contaminantes emergentes presentes en las aguas residuales depuradas e impedir su transferencia a suelos y aguas. Por lo motivos expuestos, el proyecto contribuirá a la eficiencia en la utilización de recursos y materias primas, mejorando la calidad del agua, permitiendo por ello un uso sostenible de los recursos hídricos.
Otro Personal: Regina-Michaela Wittich, Jesús de la Torre Zúñiga





Biodegradación anaerobia de compuestos aromáticos: rutas y regulación de la degradación de naftalenos y de aromáticos hydroxilados
Referencia: Plan Nacional (BIO2014-54361-R)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2015 Año Fin: 2017
Objetivos:
Otro Personal:





Competencia interbacteriana mediada por el sistema de secreción tipo VI (T6SS) papel prometedor en las propiedades de bio control de Pseudomonas putida
Referencia: Programa Talent Hub, Junta de Andalucía
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Patricia Bernal Guzmán
Año Inicio: 2015 Año Fin: 2017
Objetivos:
Otro Personal:





Interacción de Pseudomonas aeruginosa con su hospedador a través de sistemas de señalización de la superficie celular
Referencia: Plan Nacional (SAF2015-68873-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Mª Antonia Llamas Lorente
Año Inicio: 2016 Año Fin: 2017
Objetivos:
Otro Personal: Regina-Michaela Wittich





Bases moleculares de la degradación y resistencia a tolueno
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (CVI-7391)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín (Manuel Espinosa Urgel)
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2017
Objetivos: Los problemas de contaminación en nuestro planeta son cada vez más acuciantes. La biología, en general, y la biotecnología en particular ofrecen alternativas prometedoras para la eliminación de compuestos tóxicos recalcitrantes. Pseudomonas putida DOT-T1E presenta la capacidad inusual de crecer en presencia de altas concentraciones de tolueno (90% v/v). La tolerancia a tolueno de esta cepa está, fundamentalmente, mediada por tres bombas que actúan de manera cooperativa expulsando tolueno de la membrana celular, y por el empaquetamiento de la membrana tras la isomerización de cis a trans de los ácidos grasos insaturados. La expresión de las bombas está controlada por los represores TtgR y TtgV, mientras que la cis/trans isomerasa (CTI) es un enzima constitutivo. Pseudomonas putida DOT-T1E no es solo tolerante a disolventes orgánicos, sino que utiliza tolueno como única fuente de carbono y energía, oxidándolo primero hasta 3-metilcatecol para después canalizarlo hasta intermediarios del ciclo de Krebs. Los genes catabólicos se expresan en respuesta a la presencia de tolueno, en un proceso regulado por un sistema de dos componentes en el que la proteína TodS, una histidín-quinasa, sensa tolueno y fosforila a TodT, que actúa estimulando la transcripción del operón catabólico. Los objetivos generales de este proyecto son los de (i) profundizar en los mecanismos de control de la ruta de degradación de tolueno, (ii) indagar en algunos aspectos claves de las bases moleculares de la resistencia de DOT-T1E a hidrocarburos, y (iii) explotar las propiedades de la cepa para biosintetizar productos de valor añadido.
Otro Personal: Abdelali Daddaoua, Ana M. Fernández Escamilla, Patricia Bernal Guzmán, M. Antonia Llamas Lorente, Ana Segura Carnicero, M. Antonia Molina Henares, Jesús de la Torre Zúñiga





Desarrollo de herramientas metagenómicas para producción de biocombustibles (CAMBIOS)
Referencia: Plan Estatal, Retos Colaboración (RTC-2014-1777-3)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2014 Año Fin: 2017
Objetivos: El acrónimo CAMBIOS deriva del inglés “Combined Approaches based on Metagenomics for Biofuels Synthesis”, nombre del proyecto que aquí presentamos, y que tiene como objetivo principal el desarrollo de herramientas metagenómicas para identificar enzimas con interés en la producción de biocombustibles. El proyecto va más allá, y también engloba la caracterización y mejora de dichas enzimas, así como la creación de una estirpe bacteriana óptima para la producción de biocombustibles. La esencia de CAMBIOS es la ejecución de nuevos sistemas eficientes que revelen y capturen la riqueza de actividades enzimáticas de interés biotecnológico para la producción de biocombustibles a partir de comunidades microbianas ambientales.
Otro Personal:





Mecanismos moleculares asociados con la síntesis y transducción del segundo mensajero diguanilato cíclico (c-di-GMP) en biofilms bacterianos
Referencia: Plan Estatal (BFU2013-43469-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel, Co-IP: Mª Isabel Ramos González.
Año Inicio: 2014 Año Fin: 2016
Objetivos:
Otro Personal:





Comprensión de los quimiorreceptores con una región de unión a ligando bimodular
Referencia: Plan Estatal (BIO2013-42297-P)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2014 Año Fin: 2016
Objetivos:
Otro Personal:





Conociendo al enemigo: estudio de un novedoso sistema de regulación génica involucrado en el control de la virulencia bacteriana (Knowing the enemy: unravelling a novel regulatory system involved in bacterial virulence)
Referencia: FP7-PEOPLE-2011-CIG - Marie Curie Career Integration Grants (CIG) (303813)
Investigador Principal: M. Antonia Llamas Lorente
Año Inicio: 2012 Año Fin: 2016
Objetivos: A pesar de la llegada de la era de los antibióticos, las enfermedades infecciosas mantienen una posición destacada como la principal causa mundial de morbilidad y mortalidad. Este problema se ha agravado en los últimos años con la aparición de bacterias multiresistentes a antibióticos y el fracaso de la industria farmacéutica para diseñar antibióticos con nuevos modos de acción. Necesitamos por tanto nuevos conceptos y nuevas técnicas para el descubrimiento de nuevos fármacos antimicrobianos. La inhibición de la patogénesis bacteriana mediante la inhibición de sus funciones de virulencia representa una alternativa prometedora de terapia antimicrobiana. Un requisito fundamental de la patogenicidad bacteriana es la capacidad de expresar genes de virulencia en respuesta a señales del hospedador. La inhibición de los sistemas reguladores que controlan la expresión de los genes de virulencia parece, por tanto, una buena alternativa para inhibir la virulencia bacteriana. Usando como modelo el patógeno oportunista de humanos Pseudomonas aeruginosa, en este proyecto se propone caracterizar un nuevo y, recientemente descubierto sistema de regulación, llamado PUMA3, que activa la expresión de factores de virulencia en respuesta a una señal de hospedador. P. aeruginosa es uno de los principales causantes de infecciones nosocomiales o intrahospitalarias. Es además la principal causa de mortalidad en pacientes con fibrosis quística. Debido a su resistencia natural a los antibióticos y su capacidad para adquirir dicha resistencia, las infecciones por P. aeruginosa son a menudo difíciles de tratar. P. aeruginosa posee una gran variedad de factores de virulencia que le permite infectar prácticamente cualquier órgano o tejido humano, y la regulación de la síntesis de estos factores de virulencia es una de las claves para el éxito de este patógeno. El sistema de regulación PUMA3 consta de tres proteínas principales: un factor sigma de la familia de los factores sigma de función extracitoplásmica (ECF), un factor anti-sigma en la membrana citoplásmica, y un receptor en la membrana externa. La presencia de una señal del hopedador induce la activación del factor sigma, el cual se une a la RNA polimerasa y promueve la transcripción de un conjunto específico de genes, incluido un sistema de secreción implicado en procesos de adhesión celular y diseminación de patógenos. La activación del sistema PUMA3 aumenta la virulencia de P. aeruginosa. El objetivo del proyecto es la caracterización molecular y funcional de este nuevo sistema de transducción de señales involucrado en la regulación de virulencia en el patógeno oportunista de humanos P. aeruginosa. Para ello se resolverá la estructura de los componentes del sistema y se analizarán las interacciones entre los mismos. Además, se determinará el mecanismo molecular responsable de la activación de dicho sistema.
Otro Personal: José Miguel Quesada Pérez





Comprensión de los mecanismos de traducción de señal que determinan la formación y dispersión de biofilm en bacterias
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (CVI-7335)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2016
Objetivos: En los últimos años se han obtenido evidencias de que el segundo mensajero diguanilato cíclico (diGMPc) juega un papel en la formación de biofilms. De hecho, se ha comprobado que el cambio en la concentración intracelular de diGMPc es el acontecimiento final de varias cascadas de señalización. Estas cascadas emplean quimiorreceptores de tipo MCP para el reconocimiento de moléculas señalizadoras que inducen, en último término, la formación o dispersión de un biofilm. En Pseudomonas se ha demostrado que los quimiorreceptores WspA y BdlA juegan un papel importante en la formación y dispersión de biofilms, respectivamente. Ambos receptores tienen dominios de unión para moléculas señalizadoras, aunque la identidad de tales moléculas es por completo desconocida. Para identificar las moléculas señalizadoras reconocidas por WspA y BdlA realizaremos diversas aproximaciones experimentales: bioquímica de proteínas, espectrometría de masa, cristalización y resolución de estructuras proteicas, y estudios de docking in silico con dichas estructuras. Una vez las moléculas señalizadoras se hayan identificado, se procederá a evaluar su impacto en la capacidad de Pseudomonas para formar y dispersar biofilms. Además, varias bacterias, incluyendo P. putida KT2440, manifiestan un comportamiento quimiotáctico hacia señales de quorum sensing. Se ha propuesto que la razón fisiológica de tal comportamiento es el reclutamiento de células planctónicas a un biofilm en formación. Este proyecto contempla como objetivo adicional la identificación del receptor o receptores responsables de la quimiotaxis hacia señales de quorum sensing, y la verificación de la hipótesis de que dicha taxis estimula la formación de biofilms.
Otro Personal: Miriam Rico Jiménez, Álvaro Ortega Retuerta, Andrés Corral Lugo





Soluciones biotecnológicas integradas para combatir vertidos de petróleo marinos (Integrated Biotechnological Solutions for Combating Marine Oil Spills) (Kill Spill)
Referencia: Unión Europea (FP7-KBBE-2012-6-312139)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín (Silvia Marqués Martín) (Coordinador del Proyecto: Fernando Rojo de Castro, CNB-CSIC)
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2016
Objetivos: El proyecto Kill•Spill pretende ofrecer (bio)tecnologías innovadoras que puedan ser integradas en las acciones usadas actualmente en la limpieza de vertidos de petróleo. Se pretende desarrollar dispersantes, emulsificantes y materiales que permitan el confinamiento del vertido para preparar el campo para las acciones siguientes. Desarrolla tecnologías para intensificar la degradación (por bioaumentación ó bioestimulación) tanto en condiciones aerobias como anaerobias. También se pretenden desarrollar una serie de herramientas para la detección de contaminantes (biosensores), indicadores de biodegradación, chips de ADN para examinar la presencia de bacterias degradatoras, etc.Todas estas tecnologías se ensayarán en derrames en mar abierto y en mesocosmos. El consorcio es multidisciplinar y comprende 35 grupos de 11 países europeos (y asociados) de los cuales 20 son instituciones académicas, 13 SMEs, una gran compañía y una asociación de compañías dedicadas a la solución de derrames de petróleo. La misión del grupo de la EEZ se centra en la construcción de biosensores que puedan ser utilizados de forma sencilla para la detección de contaminantes. En concreto se construirán 3 tipos de biosensores: i) Biosensor basado en el promotor del operón phn de Burkholderia sp. cepa MS3 y su correspondiente proteína reguladora PhnR, para la detección de naftaleno; ii) Biosensor basado en el promotor del operon tod de Pseudomonas putida DOT-T1E y sus proteínas reguladoras TodST para la detección de hidrocarburos aromáticos monocíclicos; iii) Biosensor basado en el promotor phnA1 de Novosphingobium sp. cepa HR1a y su correspondiente proteína reguladora para la detección de fenantreno y algunos de sus derivados. La expresión desde estos promotores se ensayará fusionando a los mismos la proteína de fluorescencia verde (gfp). Dadas las especiales características de estos contaminantes, en el proyecto se contempla la optimización de estos biosensores. Estas construcciones se introducirán en bacterias marinas, con preferencia en aquellas con las que se van a desarrollar otras herramientas del proyecto. Finalmente, con la colaboración de una empresa que desarrollará un dispositivo óptico para la detección de fluorescencia, se construirá un aparato para la detección de estos contaminantes desde los barcos que lleven a cabo el control de las operaciones de limpieza.
Otro Personal: Estrella Duque Martín de Oliva, Ana Segura Carnicero (Tino Krell, Regina M. Wittich)





Integración de modelado e ingeniería para química verde en Pseudomonas putida (Integrative Modeling and Engineering of Pseudomonas putida for Green Chemistry)
Referencia: Unión Europea (MC-IEF 329682)
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero (Tino Krell)
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2015
Objetivos: El principal objetivo del proyecto es la modelización informática del metabolismo de Pseudomonas con el fin de encontrar las mejores modificaciones genéticas posibles para la síntesis de compuestos de alto valor añadido en la cepa modelo Pseudomonas putida KT2440 y la cepa resistente a disolventes orgánicos Pseudomonas putida DOT-T1E.
Otro Personal: Juan Luis Ramos Martín





El efecto del clima en la biogeografia mIcrobiana del suelo asociado a plantas en la Sierra Nevada
Referencia: Parques Nacionales, Ministerio Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente (590/2012)
Investigador Principal: Pieter van Dillewijn
Año Inicio: 2012 Año Fin: 2015
Objetivos: Actualmente, la preocupación por el cambio global está incrementando el esfuerzo por conocer sus causas y determinar sus efectos sobre los diferentes ecosistemas. Los microorganismos están presentes en todos los ecosistemas constituyendo la mayor fuente de biomasa en el mundo, participan en todos los procesos biogeoquímicos conocidos, y presentan una gran importancia en la salud animal y vegetal. el objetivo principal del estudio propuesto es conocer el efecto del clima sobre la biogeografía microbiana presente en el suelo, utilizando los avances tecnológicos más actuales. Para ello se propone efectuar un estudio sistemático de la biodiversidad microbiana presente en suelo rizosférico y suelto (no rizosférico) en el Parque Nacional Sierra Nevada en distintos pisos termoclimáticos presentes a distintas altitudes.
Otro Personal: Juan Luis Ramos Martín, Estrella Duque Martín de Oliva, Sergey Bursakov





Desarrollo de sensores para la detección y monitorización de la contaminación por arsénicos
Referencia: Plan Nacional, RECUPERA 2020 (20134R057)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2015
Objetivos:
Otro Personal:





Desarrollo innovador de tratamiento bacteriano de suelos incendiados para estimular el crecimiento de plantas
Referencia: Plan Nacional, RECUPERA 2020 (20134R067)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Mª Isabel Ramos González
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2015
Objetivos:
Otro Personal:





Estudio de la regulación génica bacteriana mediada por factores sigma de función extracitoplásmica (ECF): ECF como blanco para la identificación de nuevos antimicrobianos
Referencia: Plan Nacional (SAF2012-31919)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: M. Antonia Llamas Lorente
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2015
Objetivos: A pesar de la llegada de la era de los antibióticos, las enfermedades infecciosas mantienen una posición destacada como la principal causa mundial de morbilidad y mortalidad. Este problema se ha agravado en los últimos años con la aparición de bacterias multiresistentes a antibióticos y el fracaso de la industria farmacéutica para diseñar antibióticos con nuevos modos de acción. Necesitamos por tanto nuevos conceptos y nuevas técnicas para el descubrimiento de nuevos fármacos antimicrobianos. La inhibición de la patogénesis bacteriana mediante la inhibición de sus funciones de virulencia representa una alternativa prometedora de terapia antimicrobiana. Un requisito fundamental de la patogenicidad bacteriana es la capacidad de expresar genes de virulencia en respuesta a señales del hospedador. La inhibición de los sistemas reguladores que controlan la expresión de los genes de virulencia parece, por tanto, una buena alternativa para inhibir la virulencia bacteriana. Usando como modelo el patógeno oportunista de humanos Pseudomonas aeruginosa, en este proyecto se propone caracterizar un nuevo y, recientemente descubierto sistema de regulación, llamado PUMA3, que activa la expresión de factores de virulencia en respuesta a una señal de hospedador. P. aeruginosa es uno de los principales causantes de infecciones nosocomiales o intrahospitalarias. Es además la principal causa de mortalidad en pacientes con fibrosis quística. Debido a su resistencia natural a los antibióticos y su capacidad para adquirir dicha resistencia, las infecciones por P. aeruginosa son a menudo difíciles de tratar. P. aeruginosa posee una gran variedad de factores de virulencia que le permite infectar prácticamente cualquier órgano o tejido humano, y la regulación de la síntesis de estos factores de virulencia es una de las claves para el éxito de este patógeno. El sistema de regulación PUMA3 consta de tres proteínas principales: un factor sigma de la familia de los factores sigma de función extracitoplásmica (ECF), un factor anti-sigma en la membrana citoplásmica, y un receptor en la membrana externa. La presencia de una señal del hopedador induce la activación del factor sigma, el cual se une a la RNA polimerasa y promueve la transcripción de un conjunto específico de genes, incluido un sistema de secreción implicado en procesos de adhesión celular y diseminación de patógenos. La activación del sistema PUMA3 aumenta la virulencia de P. aeruginosa. En este proyecto se pretende identificar la señal que induce el sistema PUMA3 y estudiar variantes de este sistema en otros patógenos gram-negativos. Además se desarrollará un nuevo ‘high-throughput screen’ con el fin de encontrar compuestos que inhiban la patogenicidad bacteriana mediante la inhibición de factores sigma ECF implicados en la regulación de virulencia.
Otro Personal: Regina M. Wittich, Verónica Hernández Sánchez





Metagenómica Reversa
Referencia: Acción Especial, Plan Nacional (BIO2011-12776-E)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Estrella Duque Martín de Oliva
Año Inicio: 2012 Año Fin: 2014
Objetivos: Los proyectos actuales de high throughput relacionados con el análisis global de genomas comprenden la generación masiva de secuencias de ADN, la anotación de las mismas, la representación físico-estructural de esta información, su análisis comparativo y la integración de datos a gran escala. Sin embargo, la calidad de las secuencias limita su ulterior explotación. El proyecto Metagenoma reversa persigue desarrollar aproximaciones bioinformáticas para una mejor integración de los datos derivados de los proyectos de metagenómica.
Otro Personal: Zulema Udaondo Domínguez





Construcción de biosensores de nueva generación para detectar hidrocarburos aromáticos
Referencia: Acción Especial, Plan Nacional (BIO2011-14589-E)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2012 Año Fin: 2014
Objetivos:
Otro Personal:





Quimiotaxis en bacterias del suelo: su implicación en la degradación de compuestos tóxicos y en la colonización de raíces
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (RNM-4509M)
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2010 Año Fin: 2014
Objetivos: P. putida, el organismo modelo de este proyecto tiene 22 quimiorreceptores. Se analizará el comportamiento quimiotáctico de la cepa silvestre y de 22 mutantes, deficiente en cada uno de los receptores, hacia una amplia selección de quimioatrayentes. Uno de los objetivos principales de este proyecto es la caracterización de los quimiorreceptores implicados en la quimiotaxis hacia compuestos presentes en los exudados de raíz. Otro objetivo es la identificación de los quimiorreceptores que son responsables de la respuesta quimiotáctica hacía compuestos tóxicos.
Otro Personal: Hortencia Silva Jiménez , Cristina García Fontana y Adela García Salamanca





Sistemas modelos en el estudio de la degradación anaerobia de compuestos aromáticos: Degradación de naftaleno y de aromáticos hidroxilados
Referencia: Plan Nacional (BIO2011-23615)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2012 Año Fin: 2014
Objetivos: Los compuestos aromáticos son abundantes en la naturaleza y con frecuencia son liberados al medio ambiente desde fuentes naturales y como consecuencia de la actividad industrial. Muchos de ellos son tóxicos y dañinos para la salud y el medio ambiente. Los esfuerzos internacionales para mejorar las estrategias de bio-remediación apuntan a los procesos biológicos mediados por bacterias. El objetivo de este proyecto es aumentar el conocimiento sobre la degradación anaerobia de aromáticos policíclicos (PAHs) y de compuestos fenólicos, e implementar estrategias de bioremediación basadas en la inoculación de microorganismos anaerobios autóctonos aislados previamente con capacidades biodegradadoras (bioaumento).
Otro Personal: Sophie Marie Martirani von Abercrom, Daniel Pacheco Sánchez, Patricia Bernal Guzmán, Alejandro Acosta González, Águeda Molina Fuentes





Análisis post-genómico funcional de Pseudomonas putida KT2440
Referencia: Plan Nacional (BIO2010-17227)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Pieter van Dillewijn
Año Inicio: 2011 Año Fin: 2014
Objetivos:
Otro Personal:





Biodegradación anaerobia de compuestos aromáticos: ocurrencia y diversidad de rutas en bacterias sulfatorreductoras, reductoras de nitrato y reductoras de Fe
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (CVI-3591)
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2009 Año Fin: 2013
Objetivos: Caracterización de la rutas anaerobias de degradación de aromáticos, especialmiento naftaleno, por organismos aislados de suelo y sedimento. Análisis de su diversidad en distintos entornos.
Otro Personal: Ignacio Rodríguez García





Procesos evolutivos en poblaciones bacterianas asociadas a la rizosfera de plantas y sus implicaciones en agrobiotecnología y biomedicina
Referencia: Proyecto de Excelencia Junta de Andalucía (P08-CVI-03869)
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2009 Año Fin: 2013
Objetivos:
Otro Personal:





Interacciones planta-bacteria en el ámbito de la rizorremediación
Referencia: BIO2010-16668
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2011 Año Fin: 2013
Objetivos: En este proyecto se pretende profundizar en el conocimiento de estas interacciones en el ámbito de la remediación de hidrocarburos aromáticos policíclicos. Se estudiará la capacidad de colonización de raíz de distintas bacterias degradadoras de fenantreno (utilizado como contaminante modelo) mediante ensayos de competición con bacterias indígenas y con otras bacterias que también degraden fenantreno. Este estudio de competencia se realizará con dos plantas relevantes en el ámbito de la bioremediación (trébol y mostaza). Además, estudiaremos el efecto que la adición de estas bacterias pudiera ejercer sobre la planta y la biodiversidad rizosférica y viceversa: los efectos que la planta pudiera ejercer sobre las bacterias biodegradadoras. En este sentido se estudiará si la planta recluta en su rizosfera bacterias degradadoras como mecanismo de eliminar contaminantes en su proximidad. Las interacciones de las bacterias degradadoras de fenantreno con la microbiota rizosférica son de interés para analizar la capacidad de colonización en condiciones reales, al igual que la capacidad de crecer a expensas de los exudados radiculares o la capacidad de éstos para inducir las rutas catabólicas de degradación de contaminantes. Estos son otros de los objetivos a estudiar en este proyecto. También se propone estudiar la regulación de estas rutas por compuestos de origen vegetal tanto in vitro como in planta. Con los conocimientos obtenidos tras el cumplimiento de los objetivos de este proyecto se tendrán criterios objetivos para la elección de la mejor combinación planta-bacteria para el diseño de una estrategia rizorremediación.
Otro Personal:





Análisis funcional del modo de vida multicelular de Pseudomonas putida en superficies bióticas y abióticas. Conexión entre redes de señalización y grandes proteínas secretadas.
Referencia: Plan Nacional (BFU2010-17946)
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel.
Año Inicio: 2011 Año Fin: 2013
Objetivos:
Otro Personal:





Comprensión y aprovechamiento de la quimiotaxis de las bacterias acuáticas y del suelo
Referencia: Plan Nacional (BIO2010-16937).
Cofinanciación: Fondos Feder
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2011 Año Fin: 2013
Objetivos:
Otro Personal:





El efecto del clima en la biodiversidad microbiana del suelo en la Reserva Huinay
Referencia: Proyecto Bilateral, CSIC (2013CL0007)
Investigador Principal: Pieter van Dillewijn
Año Inicio: 2013 Año Fin: 2013
Objetivos: Existe una gran preocupación por el cambio climático y el efecto que éste ejerce sobre los ecosistemas. La mayoría de los estudios relacionados con esta temática se centran fundamentalmente en la fauna y flora macroscópica sin tener en cuenta los microorganismos especialmente los presentes en el suelo. Las bacterias juegan un papel fundamental en todos los ecosistemas y ciclos biogeoquímicos siendo un factor determinante en el crecimiento y diversidad animal y vegetal. Están implicados directamente en el cambio global por su papel en la formación del suelo y en los ciclos del carbono y nitrógeno así como en la emisión y captura de gases con efecto invernadero como el dióxido de carbono, metano y óxido de nitrógeno. El tamaño microscópico que presentan estos organismos, la complejidad de las comunidades microbianas en términos de biodiversidad e interacciones bióticas y la dificultad que presenta el cultivo in vitro de la mayoría de los microorganismos, dificultan la investigación sobre el efecto que está ejerciendo el cambio climático sobre el desarrollo espacial y temporal de las comunidades microbianas, entre ellas las comunidades existentes en el suelo. Actualmente, gracias a las técnicas moleculares independientes del cultivo, como son la metagenómica y la secuenciación masiva de nueva generación, se están superando estas limitaciones. Aun así pocos son los estudios de cómo los efectos del cambio global afectan a la biodiversidad microbiana. Llenar esta laguna de conocimiento facilitará la labor de la comunidad científica y de los responsables políticos para predecir, detectar, y tomar las medidas adecuadas para mitigar sus efectos negativos. Dada la importancia del suelo y en el crecimiento y desarrollo vegetal, así como en los ciclos biogeoquímicos, el objetivo principal del estudio propuesto es obtener un mayor conocimiento sobre el efecto del clima en la biodiversidad de los microorganismos en el suelo. Para ello se propone efectuar un estudio sistemático de la biodiversidad microbiana presente en suelo en la Reserva Huinay en distintos pisos termoclimáticos presentes a distintas altitudes. En cada muestra se propone determinar la biodiversidad taxonómica de bacterias utilizando métodos independientes de cultivo. Los objetivos específicos de la propuesta son: A) Obtención y procesado de muestras de suelo de distintos piso thermoclimáticos. B) Determinación de la biodiversidad microbiana presente en las muestras obtenidas en el Objetivo Específico A C) Análisis y tratamiento de los datos obtenidos en el Objetivo Específico B.
Otro Personal:





Postgenómica de la interacción beneficiosa planta-Pseudomonas
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (CVI-03156)
Investigador Principal: María Isabel Ramos González
Año Inicio: 2008 Año Fin: 2012
Objetivos: Caracterización de genes de P. putida, que fueron identificados previamente en un estudio genómico por su expresión preferencial en la rizosfera, en cuanto a su papel en adhesión, colonización, formación de biofilm y en la protección frente a infección por bacterias fitopatógenas.
Otro Personal: Manuel Espinosa Urgel,Miguel Angel Matilla Vázquez,Fátima Yousef Coronado,Regina Fernández Piñar,Amalia Roca Henández,María Luisa Travieso Huertas





The microbial metagenome of the Iberian Peninsula
Referencia: Consolider-Ingenio, Plan Nacional (CSD2007-00005)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín (I.P. y Coordinador)
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2012
Objetivos: Estudio de la biodiversidad en suelos y aguas en España.
Otro Personal:





The microbial metagenome of the Iberian Peninsula
Referencia: Consolider-Ingenio, Plan Nacional (CSD2007-00005)
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín. Coordinador: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2012
Objetivos: Estudio de la biodiversidad en suelos y aguas de España.
Otro Personal: Alejandro Acosta





Pathogenomics - ADHERS: Marcadores de patogeneicidad
Referencia: Acción Complementaria, Plan Nacional (BIO2008-04419-E/)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2009 Año Fin: 2012
Objetivos: El proyecto ADHERS-Signature persigue construir chips que contengan los genes implicados en resistencia a antibióticos y formación de biofilms en Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida y Burkholderia cenocepacia. Estos caracteres están relacionados in vivo con la capacidad de infección lo que permitirá emplearlos como elementos de diagnóstico. El objetivo general de las actividades de los grupos españoles en el proyecto consiste en la identificación de nuevos genes implicados en la resistencia a antibióticos en P. Aeruginosa, P. putida y B. cenocepacia. Para ello han sido diseñadas dos estrategias basadas en 1) Mutagénesis generalizada y 2) Estudio de nuevas cepas.
Otro Personal:





Biorremediación y protección biológica de sistemas agrícolas
Referencia: Fundación BBVA (20091209)
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2009 Año Fin: 2012
Objetivos: Los estudios de la biodegradación de los últimos 30 años han revelado una serie de limitaciones que hay que superar para utilizar los procesos de biodegradación a escalas industriales. Entre las limitaciones identificadas destacan: 1) la resistencia reducida del microorganismo frente a compuestos tóxicos, 2) la insuficiente expresión de rutas degradativas, y 3) la baja biodisponibilidad del compuesto a degradar. El presente proyecto tiene como objetivo el avance de las limitaciones 2 y 3 que corresponden a la insuficiente transcripción de los operones codificando los enzimas de las rutas de degradación y los problemas de biodisponibilidad.
Otro Personal: Juan L. Ramos, Estrella Duque, Jesús Lacal, Hortencia Silva, Cristina García Fontana y Jesús Muñoz

Pseudomonas y la paradoja del tolueno
Referencia: Plan Nacional (BIO2006-05668)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2011
Objetivos: Análisis genético y proteómico de proteínas implicadas en la tolerancia a disolventes orgánicos. Interacciones reguladoras de bombas de eflujo y ADN. Cristalización de TtgR y TtgV.
Otro Personal: Silvia Marqués Martín y Ana Segura Carnicero





BACSIN-Bacterial abiotic cellular stress and survival improvement network
Referencia: Unión Europea (FP7-KBBE-2007-1)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2008 Año Fin: 2011
Objetivos: Análisis de rutas catabólicas de organismos de interés medioambiental
Otro Personal:





Biofilms de Pseudomonas putida en superficies abióticas y vegetales: adhesinas, mecanismos de regulación y señalización interespecífica.
Referencia: Plan Nacional (BFU2007-64270)
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2010
Objetivos: Estudiar procesos regulatorios en la colonización bacteriana de superficies vegetales y abióticas.
Otro Personal: María Antonia Molina Henares, Fátima Yousef Coronado, Regina Fernández Piñar





Interacciones plantas-rizobacterizas: búsqueda de nuevos genes de interés en biorremediación y estudio de posibles aplicaciones
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (CVI-1767)
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2010
Objetivos: El objetivo general se encamina al estudio de las interacciones que se producen entre la rizosfera de plantas que crecen en ambientes contaminados con hidrocarburos aromáticos policíclios y las bacterias que favorecen la eliminación de los mismos (tanto bacterias degradativas como productoras de biosurfactantes).
Otro Personal:





Diseño de inhibidores de bombas de eflujo responsables de la resistencia múltiple a antibióticos en bacterias GRAM-negativas.
Referencia: Proyecto de Excelencia, Junta de Andalucía (CVI-1912)
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2010
Objetivos: Identificación de inhibidores del represor TtgR y la bomba de eflujo TtgABC.
Otro Personal:





Systems analysis of biotech induced stresses: Towards a quantum increase in process performance in the cell factory P. putida
Referencia: Programa Sysmo, UE (GEN2006-27750-C5-5-E/SYS)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2010
Objetivos: Biología de sistema en el organismo modelo P. putida KT2440.
Otro Personal:





Caracterización bioquímica de la enzima cis-trans isomerasa de Pseudomonas del suelo
Referencia: Proyecto Intramural, CSIC (200440E571)
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2009 Año Fin: 2010
Objetivos: Purificar la cis-trans isomerasa, estudiar sus características bioquímicas y su mecanismo de activación
Otro Personal: Cecilia Pini





La biodiversidad microbiana de la rizosfera y su aprovechamiento para la búsqueda de enzimas de relevancia para la biorremediación de contaminantes orgánicos
Referencia: Proyecto Intramural, CSIC I3 (200940I062)
Investigador Principal: Pieter van Dillewijn
Año Inicio: 2010 Año Fin: 2010
Objetivos: PEDIR A PIETER
Otro Personal:





Bases moleculares de la respuesta de los microoganismos a disolventes orgánicos.
Referencia: Proyecto de Excelencia de la Junta de Andalucía (CVI-344)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2009
Objetivos: Análisis genético y proteómico de proteínas implicadas en la tolerancia a disolventes orgánicos. Interacciones reguladoras de bombas de eflujo y ADN. Cristalización de TtgR y TtgV.
Otro Personal: Silvia Marqués Martín, Ana Segura Carnicero y Mª Trinidad Gallegos Fernández.





Genómica y metabolómica de la interacción planta-Pseudomonas en la rizosfera
Referencia: Plan Nacional (BFU2006-09078/BMC)
Investigador Principal: María Isabel Ramos González
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2009
Objetivos: Análisis genómico mediante microarrays de la bacteria P. putida en la rizosfera y análisis de los exudados radiculares de maíz en presencia y ausencia de bacterias
Otro Personal: María Luisa Travieso Huertas





Biología de Pseudomonas beneficiosas en la rizosfera: Potencial de Pseudomonas putida para inducir resistencia sistémica inducida (ISR) en plantas
Referencia: Intramural CSIC I3 (200740I016)
Investigador Principal: María Isabel Ramos González
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2009
Objetivos: Búsqueda de huellas en los exudados de Arabidopsis en respuesta a la colonización de su raíz por P. putida con implicación en el disparo de la respuesta sistémica inducida (ISR)
Otro Personal:





Respuesta de la microbiota de sedimentos marinos a contaminación con petróleo. Naftaleno como compuesto modelo.
Referencia: Fundación BBVA (BIOCON 05-094/06)
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2009
Objetivos: Identificar los microorganismos responsables de la degradación de naftaleno en sedimentos marinos contaminados mediante marcaje in situ con isótopos estables
Otro Personal: Mª Trinidad Gallegos Fernández, Ramón Rosselló-Mora, Alejandro Acosta González, Paola Vargas y Mª Francisca Villegas Torres

Evolución de rutas catabólicas bacterianas para la eliminación eficiente de PCBs y dioxinas
Referencia: Junta de Andalucía, CICE (CVI-1916)
Investigador Principal: Rolf Michael Wittich
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2009
Objetivos: Mejora génica de cepas biodegradadoras de PCBs y dioxinas para optimizar la mineralización de dichas clases de compuestos altamente tóxicos y con impacto medioambiental.
Otro Personal: René Cuéllar Rodríguez





Optimización de rutas catabólicas para la degradación de compuestos tóxicos con impacto ambiental y verificación de sus capacidades en sistemas de suelo con plantas
Referencia: Proyecto Intramural (200840I255)
Investigador Principal: Rolf M. Wittich
Año Inicio: 2008 Año Fin: 2009
Objetivos: Optimizar rutas catabólicas (degradativas) para una eficiente mineralización de compuestos tóxicos como pesticidas, PCBs, dioxinas, clorobencenos (hexaclorobenceno, pentaclorobenceno y otros) a través de la integración cromosomal de nuevos genes codificando sistemas de enzimas más eficientes de otros microorganismos y de enzimas mejoradas genéticamente.
Otro Personal: René Ricardo Cuéllar, Vicenta Millán Casamayor, N.N.

Diseño de inhibidores a través de la elucidación de la estructura atómica de una sensor quinasa
Referencia: Proyecto de Excelencia de la Junta de Andalucía (CVI-3010)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2009
Objetivos: Determinar el sitio activo de TodS por métodos cristalográficos.
Otro Personal:





Biosensores para la evaluación in situ de contaminantes derivados de vertidos de petróleo y basados en sistemas genéticos multiplicadores de señal que se pueden acoplar a microchips.
Referencia: Plan Nacional (VEM2004-08560).
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2005 Año Fin: 2008
Objetivos: Alterar el perfil de histidin kinasas, sensores de hidrocarburos aromáticos y monitorizar expresión in vivo usando genes lux y gfp.
Otro Personal: Silvia Marqués Martín.





Materiales de construcción en base cemento en contacto con agua de consumo humano. Optimización sanitaria, medioambiental y prestacional (CEMGUALIM).
Referencia: Proyecto Intramural (200440E228)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2005 Año Fin: 2008
Objetivos: Biofilms sobre cemento en conducciones de agua potable.
Otro Personal:

Bombas de resistencia múltiple: expresión, distribución y función
Referencia: Plan Nacional (BFU2007-60272)
Investigador Principal: Mª Trinidad Gallegos
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2008
Objetivos: Establecer el papel de las bombas de eflujo en Pseudomonas que viven en hábitats diferentes usando el sistema TtgR/TtgABC como modelo
Otro Personal:





Optimización del Proceso Biotecnológico para Bio-recuperar Suelos Contaminados por PCBs "in situ" por Nuevos Biocatalizadores
Referencia: Ministerio de Medio Ambiente (DGCEA, B036/2007/3-01.1)
Investigador Principal: Rolf M. Wittich
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2008
Objetivos: Verificación de la capacidad biodegradadora para la degradación/mineralización de los bifenilos policlorados (PCB's) por la cepa adecuadamente modificada genéticamente, Cupriavidus necator RW112 (ex Ralstonia eutropha H850) (en: Wittich y Wolff 2007, Microbiology (UK) 153: 186-195) en suelos artificialmente contaminados por Aroclor 1232: transferencia de la aplicación del biocatalizador en sistemas acuosos a sistemas de suelos contaminados en un proyecto pre-piloto.
Otro Personal: Vicenta Millán Casamayor, Jürgen Ruoss





Determinación del mecanismo de una nueva familia de sistemas de dos componentes.
Referencia: Proyecto Intramural CSIC (200740I010)
Investigador Principal: Tino Krell
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2008
Objetivos: Determinar el mecanismo molecular de la activación de la proteína TodS por tolueno.
Otro Personal:





Nitrógeno limpio para plantas: Síntesis metagenómica de fertilizantes nitroorgánicos y su formulación con bacterias que estimulan el crecimiento del plantas
Referencia: Intramural Frontera (PIF06-028-1)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2008
Objetivos: Síntesis metagenómica de nitroaromáticos y sus derivados.
Otro Personal:

Estudio de origen de los niveles ambientales elevados de DDT en España
Referencia: Intramural de Frontera (PIF 2006)
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2007 Año Fin: 2008
Objetivos: Biodegradación del pesticida. Metagenómica y evolución.
Otro Personal:

Soluciones biológicas para la eliminación de contaminantes procedentes del refino de petróleo, rizorremediación de lodos.
Referencia: Fundación Séneca, Murcia.
Investigador Principal: Francisca Sevilla, Centro de Efalogía y Biología Aplicada del Segura, CSIC.
Año Inicio: 2005 Año Fin: 2007
Objetivos: Desarrollo de métodos para la recuperación de lodos de refinería empleando técnicas de rizorremedio. Análisis de las interacciones planta-bacteria a nivel de la planta.
Otro Personal: Silvia Marqués Martín.

Identificación de grupos funcionales microbianos en sedimentos anaeróbicos contaminados por fuel.
Referencia: Proyecto Intramural de Frontera. CSIC-ECOSIP.
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín.
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2007
Objetivos: Simulación de la respuesta de las poblaciones bacterianas presentes en un sedimento marino prístino, en respuesta a contaminación con naftaleno. Análisis de los cambios ocurridos a lo largo del tiempo mediante marcaje in situ con isótopos estables.





Formación de biofilms por Pseudomonas putida. Análisis comparativo de los mecanismos moleculares de adhesión a superficies abióticas y vegetales.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2004 Año Fin: 2007
Objetivos: Analizar las bases moleculares del establecimiento de biofilms sobre superficies vegetales.
Otro Personal:





Circadianos/Explora (CIRCE): ¿Hay ritmos circadianos en bacterias no fotosintéticas?
Referencia: Acción Complementaria Explora-Ingenio 2010. BFU2006-26091-E/BMC
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2007
Objetivos: exploración preliminar encaminada a descubrir si existen procesos sujetos a ritmos circadianos en bacterias no fotosintéticas.
Otro Personal:

Biotecnología de microorganismos saprofíticos en la rizosfera de plantas: bases moleculares de la interacción planta-Pseudomonas
Referencia: Proyecto Intramural Especial I3
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2007
Objetivos:
Otro Personal:

Regulación de la tolerancia a antibióticos y biocidas en bacterias Gram-negativas. TtgR como regulador modelo
Referencia: BFU2004-00045
Investigador Principal: Mª Trinidad Gallegos
Año Inicio: 2004 Año Fin: 2007
Objetivos:
Otro Personal:

Estudio de la contaminación atmosférica por material particulado en Andalucía
Referencia: 2007X0738
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2006 Año Fin: 2007
Objetivos:
Otro Personal:

Profundización del diagnóstico ambiental del Campo de Gibraltar.
Referencia: Convenio CSIC-Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2004 Año Fin: 2006
Objetivos: Objetivos.





Bacterias resistentes a tolueno. Bases moleculares de la tolerancia y degradación de tolueno.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2003 Año Fin: 2006
Objetivos: Análisis genético y proteómico de proteínas implicadas en la tolerancia a disolventes orgánicos. Interacciones reguladoras de bombas de eflujo y ADN. Cristalización de TtgR y TtgV.
Otro Personal: Ana Segura Carnicero.





Genómica funcional para la resolución de problemas medioambientales, desarrollo de biopesticidas.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2003 Año Fin: 2006
Objetivos: Estudiar los sistemas de colonización del sistema radicular de plantas, obtener mutantes afectados en las etapas de formación de biofilms en raíz y expresión de genes en base a promotores de expresión preferente en rizosfera.
Otro Personal: Manuel Espinosa Urgel y Mª Isabel Ramos González





Biodegradación anaerobia de residuos de petróleo por bacterias sulfatorreductoras y biodiversidad en la eliminación microbiana de crudo en sedimentos marinos.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín.
Año Inicio: 2004 Año Fin: 2006
Objetivos: Análisis de las consecuencias del vertido del Prestige sobre la microbiota anaerobia presente en sedimentos marinos. Cambios en la biodiversidad y su efecto sobre la degradación del contaminante.





Biorrecuperación de áreas contaminadas con hidrocarburos, estimulación de la biodegradación anaerobia en subsuelo de refinería.
Referencia: Ministerio de Medio Ambiente.
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín.
Año Inicio: 2004 Año Fin: 2006
Objetivos: Desarrollo de métodos para la recuperación de lodos de refinería empleando técnicas de rizorremedio. Análisis de las interacciones planta-bacteria a nivel de la planta.
Otro Personal:





Búsqueda, identificación y caracterización de microorganismos marinos tolerantes a disolventes orgánicos con capacidad de degradar fenantreno y antraceno
Referencia: VEM2003-20025
Investigador Principal: Ana Segura Carnicero
Año Inicio: 2004 Año Fin: 2006
Objetivos: Identificación de bacterias marinas tolerantes a disolventes orgánicos que sean capaces de degradar hidrocarburos policíclicos aromáticos derivados del petróleo.
Otro Personal:

Biodegradación anaerobia de residuos de petróleo por bacterias sulfatorreductoras y biodiversidad en la eliminación microbiana de crudo en sedimentos marinos.
Referencia: VEM2003-20075-C02-01
Investigador Principal: Silvia Marqués Martín
Año Inicio: 2004 Año Fin: 2006
Objetivos: Caracterizar la respuesta de la microbiota de sedimentos marinos a la presencia de crudo contaminante trás el hundimiento del Prestige
Otro Personal: Ramón Rosselló Mora

Molecular and engineering approach to anaerobic degradation of recalcitrant xenobiotic compounds. In situ removal of nitro- and aminoaromatic chemicals (MADOX).
Referencia: Comisión Europea.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2005
Objetivos:
Otro Personal: Objetivos.





Biosensors for in situ evaluation of bioavailability of pollutants based on transcriptional regulators à la carte (BIOCARTE).
Referencia: Comisión Europea.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2002 Año Fin: 2005
Objetivos:
Otro Personal: Silvia Marqués Martín.





Profundización del diagnóstico ambiental del entorno de la Ría de Huelva.
Referencia: Convenio CSIC-Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2003 Año Fin: 2005
Objetivos: Objetivos.





Eco-genomic survey of microbial diversity for lindane degradation formation of catalysts for site-intervention.
Referencia: Comisión Europea.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín
Año Inicio: 2002 Año Fin: 2005
Objetivos:
Otro Personal: Objetivos.





Solvent-tolerant bacteria allowing a broader performance of biotransformation or organic compounds in two-phases fermentation systems (BARTOLO).
Referencia: Comisión Europea.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2004
Objetivos: Objetivos.





Diagnóstico ambiental del Campo de Gibraltar.
Referencia: Convenio CSIC-Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2002 Año Fin: 2004
Objetivos: Objetivos.





Exposición a metales pesados de la población de la Ría de Huelva.
Referencia: Convenio CSIC-Consejería de Salud de la Junta de Andalucía.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2002 Año Fin: 2004
Objetivos: Objetivos.





Colonización bacteriana de la rizosfera y espermosfera de plantas: bases genéticas de la interacción mutualista planta-Pseudomonas putida
Referencia: Plan Nacional de I+D+I. BMC2001-0576
Investigador Principal: Manuel Espinosa
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2004
Objetivos:
Otro Personal:





Colonización bacteriana de la rizosfera y espermosfera de plantas: bases genéticas de la interacción mutualista planta-Pseudomonas putida
Referencia: Plan Nacional de I+D+I. BMC2001-0576
Investigador Principal: Manuel Espinosa Urgel
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2004
Objetivos:
Otro Personal: María Isabel Ramos González





Exploiting genomics to engineer an environmentally friendly microorganism for bioremediation purposes.
Referencia: Comisión Europea.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2003
Objetivos: Objetivos.





Biodegradación de amino- y nitroaromáticos en condiciones anaerobias. Aproximaciones moleculares y validación in situ del proceso.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2000 Año Fin: 2003
Objetivos: Objetivos.





Diagnóstico ambiental del entorno de la Ría de Huelva.
Referencia: Convenio CSIC-Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2003
Objetivos: Objetivos.





Degradación biológica de gasolinas por bacterias tolerantes a disolventes orgánicos.
Referencia: Convenio CSIC/CONACYT.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2002
Objetivos: Objetivos.





Estudio de la situación ambiental y sanitaria del entorno de la Ría de Huelva.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2001 Año Fin: 2002
Objetivos: Objetivos
Otro Personal:





Safe and effective pesticidal microorganisms through coustomised environmetal persistence.
Referencia: Plan Nacional.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 1998 Año Fin: 2001
Objetivos: Objetivos.





Supervivencia condicional de biopesticidas en la rizosfera de plantas de interés agrícola.
Referencia: Referencia.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 1999 Año Fin: 2001
Objetivos: Objetivos.

Análisis de la estructura y función de proteínas de la membrana externa e interna de Pseudomonas putida. Aplicaciones biotecnológicas derivadas del análisis de su genoma.
Referencia: Referencia.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 1999 Año Fin: 2001
Objetivos: Objetivos.

Systems biology of Pseudomonas. Phenomics and global genomics of Pseudomonas inresponse to stresses.
Referencia: Programa SysMO de la UE.
Investigador Principal: Juan Luis Ramos Martín.
Año Inicio: 2000 Año Fin: 2000
Objetivos:
Otro Personal:




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Alejandro García Miró
Director(es): Pieter Van Dillewijn
Titulo: Diseño de una ruta semisintética para la mineralización del TNT
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 19/07/2021
Calificación: 9,9
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Inés M. Aguilar Romero
Director(es): M. Esperanza Romero Taboada, Pieter van Dillewijn
Titulo: Biobed biopurification systems with agroindustrial wastes to remove organic contaminants from water: microbiological and molecular aspects
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 10/12/2020
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


María Martínez Sánchez
Director(es): Antonio Jesús Castro López, Rafael Nisa Martínez
Titulo: Identificación, caracterización in silico y análisis de expresión de genes relacionados con la síntesis de oxilipinas en tejidos reproductivos del olivo
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 22/07/2019
Calificación:
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Victoria Belmonte Hernández
Director(es): Rafael Nisa Martínez, Antonio Jesús Castro López
Titulo: Análisis in silico y de expresión génica de la familia de las caleosinas en el olivo (Olea europaea)
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 22/07/2019
Calificación:
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Pedro Bastida Azorín
Director(es): María Isabel Ramos González
Titulo: Correlación entre los niveles del segundo mensajero c-di-GMP y la tolerancia a estrés oxidativo en Pseudomonas putida
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 09/09/2019
Calificación: 9.4
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Raquel del Carmen Molina Cabrera
Director(es): Pieter van Dillewijn
Titulo: Utilización de técnicas metagenómicas para buscar enzimas que reducen el anillo aromático del explosivo trinitrotolueno (TNT) para biotransformar el contaminante
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 26/06/2019
Calificación: 9,1
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Grado


Ana Tajuelo Moreno-Palancas
Director(es): Tino Krell, Miguel Ángel Matilla Vázquez
Titulo: Evaluación de las propiedades quimiotácticas de Pseudomonas aeruginosa PAO1 hacia fuentes nutricionales y otros compuestos de interés
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 22/07/2019
Calificación: 9.8
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Carmen Duque Soto
Director(es): Miguel Ángel Matilla Vázquez
Titulo: Papel de la trehalosa en la protección frente a estrés abiótico por parte de Microbacterium sp. 3J1: generación de mutantes incapacitados para la producción de trehalosa
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 17/07/2019
Calificación: 9
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Grado


Irene del Rey Navalón
Director(es): Manuel Espinosa Urgel
Titulo: Biofilms en Pseudomonas stutzeri MJL19
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 22/07/2019
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Juan Antonio Cuadros Plaza
Director(es): Manuel Espinosa Urgel
Titulo: Estudio de la formación de biofilms y estrés oxidativo de Pseudomonas putida KT2440 y mutantes
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 19/07/2019
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


David Martín Mora
Director(es): Tino Krell
Titulo: Functional and structural annotation of Pseudomonas chemoreceptors
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 06/09/2019
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Joaquín Rodrigo Otero Asman
Director(es): María Antonia Llamas Lorente
Titulo: Bacterial gene regulation mediated by extracytoplasmic function (ECF) sigma factors: ECF as target for developing new antimicrobial compounds
Lugar: Universidad de Granada (UGR)
Fecha: 14/06/2019
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Laura M. Barrientos Moreno
Director(es): Manuel Espinosa Urgel
Titulo: Biofilms de Pseudomonas putida: conexión entre metabolismo y regulación mediada por diguanilato cíclico, y papel en la tolerancia a estrés derivado de compuestos tóxicos
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 06/09/2018
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Salvador Bertrán Llorens
Director(es): Silvia Marqués Martín
Titulo: Estudio de elementos reguladores de la producción de celulosa en Starkeya sp. N1B
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 24/07/2018
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Daniel Pacheco Sánchez
Director(es): Silvia Marqués Martín
Titulo: Regulación de la expresión de la ruta de degradación de compuestos dihidroxilados en Azoarcus anaerobius y Thauera aromatica AR-1
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 07/06/2018
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Beatriz López Quiñones
Director(es): Manuel Espinosa Urgel
Titulo: Evaluación de la actividad antibiofilm de extractos vegetales en Escherichia coli
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 22/09/2017
Calificación: Sobresaliente (9.3)
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Tania Perdomo González
Director(es): María Isabel Ramos González
Titulo: Relación entre el segundo mensajero bacteriano diguanilato cíclico (c-di-GMP) y los mecanismos moleculares implicados en resistencia a estrés en biofilms de Pseudomonas
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 24/07/2017
Calificación: 9.4
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Grado


Luis Ignacio Gutiérrez Rus
Director(es): María Antonia Llamas Lorente
Titulo: ¿Como detectan y responden las bacterias al ambiente y al hospedador? Función de los sistemas 'cell surface signaling'
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 15/06/2017
Calificación:
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Grado


Jacobo Galiana Silvestre
Director(es): María Antonia Llamas Lorente
Titulo: Sistema de señalización celular en Pseudomonas: procesamiento del factor anti¿sigma del sistema Fox y su interacción con el receptor
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 06/09/2017
Calificación:
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Laura Alted Pérez
Director(es): María Antonia Llamas Lorente
Titulo: Refinamiento de los genes dependientes del regulador de virulencia ¿VreI de Pseudomonas aeruginosa
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 06/09/2017
Calificación:
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Sophie Marie Martirani von Abercron
Director(es): Silvia Marqués Martín
Titulo: Response of the bacterial communities in oxygen limited environments to the presence of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) // Respuesta de las comunidades bacterianas de ambientes limitados en oxígeno a la presencia de hidrocarburos aromáticos policíclicos (PAHs)
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 28/09/2017
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Óscar Huertas Rosales
Director(es): María Isabel Ramos González, Manuel Espinosa Urgel
Titulo: Papel de las proteínas reguladoras de la familia Rsm en la señalización mediada por diguanilato cíclico y el modo de vida multicelular de Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 22/09/2017
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Óscar González López
Director(es): SILVIA MARQUES MARTIN
Titulo: Caracterización de la regulación de la ruta de degradación anaerobia de resorcinol de Azoarcus anaerobius, y complementación del mutante Thauera aromatica AR1 dbdR::Km
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 19/09/2016
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Mayra Alejandra Castañeda Cataña
Director(es): SILVIA MARQUES MARTIN
Titulo: Biodegradación de naftaleno en condiciones microaerofílicas: caracterización de la cepa formadora de biofilm Starkeya novella N1.
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 19/07/2016
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Evaristo Manrique Roldán
Director(es): SILVIA MARQUES MARTIN
Titulo: Estudio de la regulación de la ruta de degradación de 3,5-dihidroxibenzoato en Thauera aromatica AR-1.
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 19/07/2016
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Manuel Cortés Guerrero
Director(es): MARIA ANTONIA LLAMAS LORENTE
Titulo: Utilización de hemo y hemoglobina como fuente de hierro por el patógeno oportunista de humanos Pseudomonas aeruginosa
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 30/06/2016
Calificación:
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Grado


Julio Lenin Rea
Director(es): MANUEL ESPINOSA URGEL
Titulo: Función de determinados azúcares en estructura y formación de biofilms en Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 26/09/2016
Calificación: Notable (9,5)
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Alejandro López Álvarez
Director(es): VICTOR GARCIA TAGUA, MARIA ISABEL RAMOS GONZALEZ
Titulo: Análisis genético del clúster de genes cfcABC de Pseudomonas putida que codifica un multisensor histidina kinasa y un sistema quimiosensor
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 26/09/2016
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Máster


Jesús Galán Vidal
Director(es): PIETER VAN DILLEWIJN
Titulo: Estudio de la capacidad de enzimas pertenecientes a la familia de flavoproteínas Old Yellow Enzyme para transformar el explosivo trinitrotolueno /TNT)
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 29/06/2016
Calificación:
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Grado


Verónica Hernández Sánchez
Director(es): ANA SEGURA CARNICERO, LAZARO MOLINA DELGADO
Titulo: Desarrollo de biosensores para la detección de hidrocarburos aromáticos en aguas marinas
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 04/11/2016
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Cristina García Fontana
Director(es): TINO KRELL
Titulo: Complejidad y diversidad en los sistemas de transducción de señales en Pseudomonas
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 15/04/2016
Calificación: Sobresaliente cum laude, Mención Internacional
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Andrés Corral Lugo
Director(es): TINO KRELL, MANUEL ESPINOSA URGEL
Titulo: Molecular basis of chemosensory, biofilm and cell-to-cell signalling in different species of Pseudomonas
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 11/03/2016
Calificación: Sobresaliente cum laude, Mención Internacional
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


CARLOS MOLINA SANTIAGO
Director(es): JUAN LUIS RAMOS MARTIN
Titulo: Desarrollo de procesos biotecnológicos basados en cepas de Pseudomonas putida. Mecanismos de señalización y biosíntesis de antibioticos
Lugar: Universidad de Granada, Facultad de Ciencias (UGR)
Fecha: 03/11/2014
Calificación: Apto Cum laude
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


MIRIAM RICO JIMENEZ
Director(es): TINO KRELL
Titulo: Diferencias en vías de señalización química entre Pseudomonas y enterobacterias
Lugar: Universidad de Granada, Facultad de Ciencias (UGR)
Fecha: 12/12/2014
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Saray Santamaría Hernando
Director(es): TINO KRELL, MARIA ISABEL RAMOS GONZALEZ
Titulo: CARACTERIZACIÓN DE UNA HEMO PEROXIDASA EXTRACELULAR DE PSEUDOMONAS PUTIDA: SU PAPEL EN RESISTENCIA A ESTRÉS OXIDATIVO Y BIOCONTROL
Lugar: Departamento de Bioquímica y Biología Molecular
Fecha: 24/02/2014
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Patricia Benito Santano
Director(es): SILVIA MARQUES MARTIN
Titulo: Estudio taxonómico y funcional de enriquecimiento anaerobios degradadores de aromáticos
Lugar: Estación Experimental del Zaidín (EEZ)
Fecha: 15/09/2014
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Master


Alberto Díaz Romero
Director(es): SILVIA MARQUES MARTIN
Titulo: Caracterización de la regulación de la ruta de degradación anaeróbica de 3,5-dihidroxibenzoato en Thauera aromatica AR-1
Lugar: CITIC Universidad de Granada
Fecha: 15/09/2014
Calificación: Sobresaliente
Tipo de Trabajo: Trabajo Fin de Master


Paloma Pizarro Tobías
Director(es): JUAN LUIS RAMOS MARTIN
Titulo: Isolation and characterization of a Pseudomonas putida with potential use as biofertilizer and its environmetal applications
Lugar: UNIVERSIDAD DE GRANADA (UNGR)
Fecha: 15/05/2013
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Alejandro Acosta González
Director(es): RAMON ANTONIO ROSSELLO MORA, SILVIA MARQUES MARTIN
Titulo: Comunidades microbianas en sedimentos marinos contaminados por el vertido del Prestige
Lugar: UNIVERSIDAD DE GRANADA (UNGR)
Fecha: 26/09/2013
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Juan Enrique Martínez de la Plata
Director(es): ABDELALI DADDAOUA
Titulo: ACTIVE HEXOSE CORRELLATED COMPOUND (AHCC) como terapia alternativa en la enfermedad inflamatoria intestinal
Lugar: Universidad de Granada, Facultad de Farmacia
Fecha: 24/05/2013
Calificación: Apto Cum laude
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Águeda Molina Fuentes
Director(es): SILVIA MARQUES MARTIN
Titulo: Degradación anaerobia de compuestos aromáticos hidroxilados en Azoarcus anaerobius y Thauera aromatica AR-1
Lugar: UNIVERSIDAD DE GRANADA (UNGR)
Fecha: 30/01/2012
Calificación: Apto Cum laude
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Marta Martínez-Gil Vázquez
Director(es): MANUEL ESPINOSA URGEL
Titulo: Caracterización de elementos estructurales y reguladores implicados en la formación de biofilms por Pseudomonas putida
Lugar: Universidad de Granada, Facultad de Farmacia
Fecha: 14/12/2012
Calificación:
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Fátima Yousef Coronado
Director(es): MANUEL ESPINOSA URGEL
Titulo: Bases genéticas de la formación de biofilms bacterianos sobre superficies abióticas y vegetales
Lugar: UNIVERSIDAD DE GRANADA (UNGR)
Fecha: 23/04/2012
Calificación: Apto
Tipo de Trabajo: Tesis Doctoral


Regina Fernández Piñar
Director(es): Manuel Espinosa Urgel
Titulo: Mecanismos de comunicación intercelular en Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 2010-11-11
Calificación: Sobresaliente cum laude

Cecilia Vanesa Pini Gutiérrez
Director(es): Juan Luis Ramos Martín, Ana Segura Carnicero
Titulo: Estudio de la ciclopropano sintasa
Lugar: Granada
Fecha: 2010-10-26
Calificación: Sobresaliente Cum laude por unanimidad

Sandy Fillet
Director(es): Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Molecular characterization of the trancriptional regulator TtgV in Pseudomonas putida DOT-T1E, a solvent tolerant strain
Lugar: Granada
Fecha: 2010-10-15
Calificación: Sobresaliente Cum laude por unanimidad

Antonio Jesús Molina Henares
Director(es): Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Provalidator: Una herramienta para diseño y validación de profiles
Lugar: Granada
Fecha: 2010-06-25
Calificación: Sobresaliente Cum laude

Miguel Ángel Matilla Vázquez
Director(es): Juan Luis Ramos Martín y María Isabel Ramos González
Titulo: Análisis genómico y funcional de la interacción planta-Pseudomonas putida KT2440: colonización y resistencia sistémica
Lugar: Granada
Fecha: 2009-11-11
Calificación: Sobresaliente Cum laude

Amalia Roca Hernández
Director(es): Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Estudio del metabolismo del formaldehído en Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Granada
Fecha: 2009-11-10
Calificación: Sobresaliente Cum laude

Vanina García
Director(es): Juan Luis Ramos Martín y Ana Segura Carnicero
Titulo: Transportadores involucrados en la tolerancia a disolventes orgánicos en Pseudomonas putida DOT-T1E
Lugar: Granada
Fecha: 2009-05-25
Calificación: Sobresaliente Cum laude

Mª Carmen Herrera González de Molina
Director(es): Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Catabolismo del aminoácido aromático fenilalanina por Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Granada
Fecha: 2009-05-05
Calificación: Sobresaliente Cum laude

Andreas Busch
Director(es): Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Estudio del mecanismo molecular del sistema de dos componentes Tods/Todt
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 2008-12-18
Calificación: Apto Cum Laude

Sandy Fillet
Director(es): Juan Luis Ramos y Mª Trinidad Gallegos
Titulo: Caracterización de la unión del regulador TtgV a los promotores PttgG y PttgD de Pseudomonas putida DOT-T1E
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 2008-09-22
Calificación: Sobresaliente

Paola Andrea Vargas Gallego
Director(es): Mª Trinidad Gallegos Fernández
Titulo: Caracterización funcional del transportador MexAB-OprM de Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 2008-09-22
Calificación: Sobresaliente

Patricia Domínguez Cuevas
Director(es): Silvia Marqués Martín y Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Regulación de la expresión de la ruta meta del plásmido TOL: interacciones entre el promotor Pm, el regulador XylS y la ARN polimerasa
Lugar: Granada
Fecha: 2008-07-04
Calificación: Sobresaliente cum laude

Jesús Lacal Romero
Director(es): Juan Luis Ramos Martín y Tino Krell
Titulo: Caracterización bioquímica y molecular del sistema de dos componentes TodS/TodT de Pseudomonas putida DOT-T1E.
Lugar: Granada
Fecha: 2008-04-08
Calificación: Sobresaliente cum laude

Teresa del Castillo Santaella
Director(es): Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Análisis genómico, transcripcional y de flujo del metabolismo de la glucosa en Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 2008-01-15
Calificación: Apto Cum Laude

Maria Eugenia Guazzaroni
Director(es): Juan Luis Ramos Martín
Titulo: Bases moleculares de la tolerancia a disolventes orgánicos: Estudio de la regulación de la bomba de disolventes TtgGHI en Pseudomonas putida DOT-T1E
Lugar: Universidad de Granada
Fecha: 2007-11-19
Calificación: Apto Cum Laude

Patricia Bernal Guzmán
Director(es): Juan Luis Ramos Martín y Ana Segura Carnicero
Titulo: Implicaciones de los fosfolípidos en respuesta a estreses abióticos en Pseudomonas putida
Lugar: Granada
Fecha: 2007-02-09
Calificación: Sobresaliente cum laude

Mª Isabel Aranda Olmedo
Director(es): Silvia Marqués Martín y Juan Luís Ramos Martín
Titulo: Represión catabólica de los promotores dependientes de sigma 54 que participan en la expresión de la ruta de degradación de aromáticos del plásmido TOL pWW0 de Pseudomonas putida.
Lugar: Granada
Fecha: 2006-07-13
Calificación: sobresaliente cum laude

Mª Antonia Molina Henares
Director(es): Juan Luis Ramos, Manuel Espinosa
Titulo: Papel del sistema de secreción TPS en la captación de hierro y colonización de la espermosfera de plantas por Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Granada
Fecha: 2006-01-12
Calificación: Sobresaliente cum laude

Olga Revelles López
Director(es): Juan Luis Ramos, Manuel Espinosa
Titulo: Caracterización de las rutas de catabolismo de L-lisina en Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Granada
Fecha: 2005-07-05
Calificación: Sobresaliente cum laude

Antonia M. Rojas Martínez
Director(es): Juan Luis Ramos Martín y Ana Segura Carnicero
Titulo: Tolerancia a disolventes orgánicos en la cepa Pseudomonas putida DOT-T1E (implicación de la bomba de eflujo TtgGHI) y su utilización en biotransformaciones en sistemas de doble fase
Lugar: Unversidad de Granada
Fecha: 2004-02-00
Calificación: Sobresaliente cum laude

Regina Fernández Piñar
Director(es): Manuel Espinosa Urgel
Titulo: Mecanismos de comunicación intercelular en Pseudomonas putida KT2440
Lugar: Granada
Fecha: 11/11/2010
Calificación: Sobresaliente Cum laude por unanimidad

Pseudomonas Reference Culture Collection

The EEZ possesses one of the most important and valuable collections in the area of general biodegradation, and in particular of bacteria of the genus Pseudomonas. The EEZ has created a web site for the Pseudomonas culture collection artemisa.eez.csic.es/prcc/through which the international scientific community can request any strain from the collection. To date, the invested funds have been obtained through “Special Grants” (Acciones Especiales) from the Ministry of Science and Education or from the CSIC. The service has been supplying strains to all who have requested them, both nationally and internationally, free of charge. However, from May 1st 2005, strains will be charged a fee of 100 €. We are also beginning to operate different equipments to give external service. This includes the generation of organized mutant banks and selective systems for the isolation of mutant clones.